Siła słabości – rzecz o wiązaniu wodorowym

Nie będzie zapewne dużej przesady, jeśli napiszę, że jedno ze zdecydowanie najsłabszych wiązań – wiązanie wodorowe – jest tym, dzięki któremu istniejemy zarówno my, jak też cały świat żywy na Ziemi.
Wyjaśnię, co jest w nim takiego specjalnego. Skupię się najpierw na jednej z najprostszych cząsteczek, a mianowicie na oksydanie. Pewnie wielu z was zastanawia się nad tą nazwą. Oksydan? W szkole nie uczyli. Cóż, to aktualna nazwa formalna, ale zapewne wielu z was zna nazwę „woda”. Tak, zwykła H2O. Proponuję przed czytaniem rzucić okiem na układ okresowy i odnaleźć te dwa pierwiastki – wodór i tlen. Dobrze by było, aby w tym układzie był też taki element, jak elektroujemność pierwiastków. Co to takiego? Otóż jest to miara tego, jak atom danego pierwiastka przyciąga elektrony. Jest to wymyślony parametr praktyczny, użyteczny w analizie wiązań i innych zachowań atomów. Wodór ma elektroujemność 2,1, a tlen 3,5. Im większa elektroujemność, tym chętniej atom przyjmie elektrony. Jak widać z układu, najchętniej będą to robić fluorowce, a najmniej chętnie litowce. To raczej jasne, bo litowce, które mają jeden elektron na ostatniej powłoce, znacznie chętniej oddadzą elektron. I teraz – im większa różnica elektroujemności, tym bardziej jonowe będzie wiązanie (im mniejsza, tym bardziej kowalencyjne). Dla układu H-O różnica ta wynosi 1,4. Oznacza to (mówiąc skrótowo), że elektron, który wodór oddaje do wiązania, woli przebywać w okolicy tlenu niż wodoru. Gdybyśmy zmierzyli tzw. gęstość elektronową, okazałoby się, że atom wodoru niesie ze sobą cząstkowy ładunek dodatni, a więc konsekwentnie – tlen ma cząstkowy ładunek ujemny. Wiązanie ma więc charakter polarny, czyli biegunowy. Z lekcji fizyki wiemy, że siła przyciągania elektrostatycznego jest potężna, ale tu mamy tylko ładunek cząstkowy, stąd niezbyt duża energia wiązania. Dlatego też we wzorach zaznacza się je zwykle linią kropkowaną albo przerywaną. No i mamy już sporą część wiedzy o wiązaniu wodorowym.

Budowa cząsteczki wody wraz z wiązaniami wodorowymi (zaznaczone kropkami)
źródło: Wikimedia, licencja: domena publiczna

Jedziemy dalej. Tlen ma na ostatniej orbicie 6 elektronów. Oddaje po jednym po to, aby związać się z dwoma atomami wodoru. A więc mamy jeszcze cztery, czyli dwie pary, bo elektrony lubią się trzymać parami. I tu musimy się odwołać do pewnego wpisu Lucasa.
Hybrydyzacja – słowo kluczowe. W tym przypadku mamy do czynienia z hybrydyzacją sp3, podobnie jak w przypadku metanu (CH4). Całość wpisuje się w znaną strukturę czworościanu (tetraedru).

Cząsteczka wody wpisana w tetraedr. Widoczne dwa atomy wodoru oraz dwie pary elektronowe. Hybrydyzacja atomu tlenu sp3

Tak więc trójatomowa cząsteczka wody nie ma struktury liniowej, przypomina raczej bumerang, i to częściowo naładowany elektrycznie, z nierównomiernie rozłożonym ładunkiem. Środek „bumerangu” ma cząstkowy ładunek ujemny, a dwa końce – cząstkowy dodatni. Jeśli więc do jednej cząsteczki wody zbliży się druga, para elektronowa zaczyna oddziaływać z atomem wodoru tamtej drugiej – i w ten sposób powstaje wiązanie wodorowe. Jedno. A ponieważ mamy dwie wolne pary elektronowe, może powstać drugie takie wiązanie. Z kolei każdy z atomów wodoru może wejść w interakcję z parą elektronową sąsiedniej cząsteczki wody. W efekcie każda z tych cząsteczek może utworzyć łącznie cztery wiązania. Cztery to w zasadzie niedużo, ale… Wyobraźmy sobie maleńką kropelkę wody, np. taką, która tworzy mgiełkę. Nie ciężką mgłę, ale delikatną mgiełkę. Jedna kropla ma średnicę ok. 10µm. Znajduje się w niej ok. 30 bilionów (tysięcy miliardów) cząsteczek wody. A więc w tej jednej, niemal niewidocznej kropelce może się znaleźć nawet 120 bilionów wiązań wodorowych! Dużo.
Popatrzmy też na kropelkę wody na liściu. Zauważymy, że jest ona wypukła, nie rozlewa się na powierzchni. Ten efekt też częściowo wynika z obecności wiązań wodorowych. Ich istnienie wewnątrz kropli powoduje, że woda jest ściślej związana. Te oddziaływania są na tyle silne, że inne, z otoczeniem, nie mają szans.
Teraz być może tytuł tego odcinka będzie jaśniejszy – siła tego niepozornego wiązania tkwi w jego wszechobecności. Dodam też, że siła wiązania (każdego!) ma konkretny wymiar, mianowicie energii. Typowe wiązanie wodorowe ma energię zaledwie kilku kcal/mol. Klasyczne wiązanie kowalencyjne jest kilkadziesiąt razy silniejsze. Jednak wiązania wodorowe praktycznie nie występują pojedynczo – i w tym tkwi ich moc.

Temperatura topnienia i wrzenia substancji chemicznych jest zależna od ich masy molowej. Im większa masa, tym wyższa temperatura. Rozważmy trzy znane związki: metan (CH4), amoniak (NH3) i wodę (H2O). W pierwszym ze związków nie ma wiązań wodorowych, w drugim są, ale dość słabe, a trzeci już omówiliśmy. Porównajmy temperatury wrzenia: dla metanu jest to -161°C, dla amoniaku -33°C, a dla wody 100°C. Gdyby nie istniały wiązania wodorowe, woda (i amoniak) miałaby temperaturę wrzenia podobną do metanu. Nie byłoby rzek, jezior, oceanów. Powiedzmy sobie wprost – życia też by nie było. Warto też uświadomić sobie, że żadna cząsteczka wody nie występuje pojedynczo (chyba że w kosmosie). W szklance, rzece czy jeziorze połączone są miliardy. Jeśli gotujemy wodę w czajniku, przekształca się ona w parę wodną. Gdy przyjrzymy się dzióbkowi, zauważymy, że tuż przy wylocie nie widać typowej mgiełki, ona tworzy się nieco dalej. Para wodna jest niewidoczna, przezroczysta. Ale oczywiście woda jako związek tam jest. Ba, jest też obecna cały czas w powietrzu, którym oddychamy. W każdym m3 powietrza jest jej co najmniej kilka gramów. Czy są to swobodne cząsteczki H2O? Absolutnie nie. Woda ma tendencję do skupiania się w tzw. klastry połączone wiązaniami wodorowymi. Nawet w gorącej parze wodnej znajdziemy głównie dimery wody. Woda jest po prostu bardzo towarzyska.

Jednym z ciekawych zjawisk, na które wpływ mają wiązania wodorowe, jest tzw. zjawisko kontrakcji. Badał je jako pierwszy Dymitr Mendelejew (tak, ten od układu okresowego). Co więcej – jego badania uratowały od carskiego więzienia kierownika fabryki wódek. Był on podejrzany o kradzież sporej ilości alkoholu ze swojej wytwórni. A on przecież tylko mieszał spirytus z wodą. Mendelejew wykazał, że fizykochemia działa inaczej niż matematyka. 50+50 nie równa się 100. Okazało się, że jeśli zmieszamy 50 ml spirytusu i 50 ml wody, uzyskamy ok. 96,3 ml roztworu. Zjawisko to nazywamy właśnie kontrakcją objętości. Zarówno woda, jak i alkohol tworzą wiązania wodorowe – także między sobą. Powoduje to skrócenie odległości między cząsteczkami, a co za tym idzie, zmniejszenie łącznej objętości roztworu. Dodam tylko dla porządku, że kontrakcja dotyczy objętości, a nie masy. Masa roztworu będzie oczywiście równa sumie mas obu roztworów.

Tak naprawdę sens wiązań wodorowych możemy poznać, analizując ich występowanie w przyrodzie. Zacznijmy od białek. Łańcuchy połączonych aminokwasów zawierają elementy, które mogą się łączyć wiązaniami wodorowymi. W efekcie powstaje tzw. struktura drugorzędowa – albo jest to helisa α, albo harmonijka β. W obu tych przypadkach wiązania wodorowe powstają pomiędzy grupą karbonylową (C=O) a grupą iminową (N-H). Te słabe z natury wiązania zupełnie wystarczą do stabilizacji struktury białka.

Wiązania wodorowe między łańcuchami białka
źródło: Wikimedia, licencja: domena publiczna

Dużo wiązań wodorowych znajdziemy też w takich biomolekułach, jak celuloza. Występują tam zarówno wiązania wodorowe wewnątrzcząsteczkowe, jak też międzycząsteczkowe, które łączą całe łańcuchy tych węglowodanów. Także tutaj słabiutkie wiązania manifestują swoją siłę dzięki ich liczbie – są ich tam dziesiątki tysięcy.
Ale dla mnie najbardziej spektakularnym przykładem wiązań wodorowych występujących w biomolekułach jest struktura DNA.

Uproszczona struktura DNA – pomiędzy nićmi widoczne wiązania wodorowe adenina-tymina i guanina-cytozyna
źródło: Wikimedia, licencja: domena publiczna

Przypomnijmy: cząsteczka DNA składa się z dwóch nici, które w procesie replikacji dają nici potomne. Wiązania wodorowe łączą z sobą tzw. pary zasad komplementarnych: adeninę z tyminą (dwa wiązania) oraz guaninę z cytozyną (trzy wiązania). Łącznie w jednej helisie DNA mamy miliardy takich wiązań. Wiążą one obie nici trwale, ale pojedyncze wiązania są na tyle słabe, że bez problemu zostają zerwane w procesie replikacji.

Na koniec mogę dodać, że wiązania wodorowe czasami mają swój aspekt praktyczny. Sporo prac prowadzi się w tematach przewodników jonowych oraz półprzewodników organicznych. Jest to obecnie bardzo obiecujący kierunek badań, które mogą dać potencjalnie bardzo ciekawe zastosowania we współczesnej elektronice.

Maleńka bakteria i gigantyczne białko

Tytyna jak sprężyna

Oficjalnie największym znanym białkiem jest tytyna, pełniąca niesłychanie ważną rolę molekularnej „sprężynki” odpowiadającej za kurczliwość mięśni poprzecznie prążkowanych u kręgowców. Bez tytyny nie ruszylibyśmy ręką ani nogą i nie biłoby nasze serce. U innych zwierząt występują białka pokrewne i pełniące podobne funkcje, ale akurat u kręgowców tytyna rozciągnęła się wyjątkowo: jej molekuła ma ponad 1 μm (mikrometr) długości. Gen TTN, kodujący tytynę u człowieka, jest oczywiście odpowiednio olbrzymi. Składa się z rekordowej liczby 363 eksonów, czyli odcinków DNA kodującego, poprzedzielanych niekodującymi intronami. Po przepisaniu genu na RNA, czyli transkrypcji, introny zostają wycięte, a eksony sklejone w jedną całość. Proces ten nazywamy splicingiem; jego wynikiem jest nić informacyjnego RNA (mRNA) zawierająca pełny kod białka, które ma zostać zsyntetyzowane w procesie translacji.

Transkrypty niektórych genów mogą być składane w różny sposób, tworząc matryce do tworzenia różnych białek. Takie zjawisko nazywamy splicingiem alternatywnym. Może on polegać na pominięciu niektórych eksonów (to najczęstsza forma splicingu alternatywnego u zwierząt) albo na pozostawieniu któregoś z intronów. W ten sposób jeden gen może potencjalnie kodować wiele białek. Z właściwym splicingiem alternatywnym mamy do czynienia wtedy, kiedy wszystkie jego produkty są funkcjonalne. Trzeba go odróżnić od błędów splicingu, gdy wskutek niewłaściwego złożenia mRNA powstaje białko niefunkcjonalne lub wręcz upośledzające metabolizm komórki, przed czym oczywiście organizm stara się bronić.

Ryc. 1.

Tytyna składa się z dwustu kilkudziesięciu liniowo uszeregowanych domen, czyli niezależnie formowanych modułów funkcjonalnych. Niemal wszystkie z nich należą do dwóch typów – immunoglobuliny lub fibronektyny. Każdy z tych dwóch rodzajów występuje w liczbie ponad stu kopii. Tytyna wyewoluowała dzięki licznym duplikacjom (podwojeniom) pradawnego genu kodującego pierwotnie krótki ciąg domen. Większość domen nadal kodowana jest przez jeden ekson. Fakt ten sprzyja współistnieniu wielu wariantów tytyny powstających dzięki splicingowi alternatywnemu. Tworzone są one w sposób kontrolowany (czyli nie omyłkowo) i różnią się głównie długością – zależną od tego, które eksony i w jakiej liczbie są pomijane – i mechaniczną elastycznością, dlatego znajdują zastosowanie w różnych typach mięśni. Forma „kanoniczna” (podstawowa) ludzkiej tytyny zawiera 34 350 aminokwasów. Jej odpowiedniki u innych gatunków ssaków, na przykład u myszy, mogą być nawet nieco dłuższe. Gen TTN koduje jeszcze więcej, bo ponad 38 tys. aminokwasów, ale w każdym ze znanych wariantów białka część sekwencji kodujących zostaje pominięta.

Ryc. 2.

Tytyna jest zatem białkiem niezwykle długim, ale dość monotonnym – sekwencją naprzemiennie ułożonych, powtarzalnych modułów. Jej systematyczna nazwa chemiczna w języku angielskim ma prawie 190 tysięcy liter i potrzeba kilku godzin, żeby ją w całości odczytać na głos, nie jest to jednak lektura szczególnie fascynująca (a nazwa tytyna jest poręczniejsza). Ludzki gen TTN (eksony wraz z intronami) zajmuje odcinek o długości ponad 300 tysięcy par zasad na chromosomie 2. W każdym razie Księga Rekordów Guinnessa odnotowuje tytynę jako największe znane białko. Czy słusznie?

To zależy, jak interpretujemy słowo znane. Tytyna jest rekordzistką, jeśli chodzi o białka szczegółowo zbadane, figurujące w specjalistycznych bazach danych. Ale wiemy też, że z prawdopodobieństwem graniczącym z pewnością istnieją białka jeszcze większe.

Mikroorganizmy i supergeny

O dziwo, na ich trop wpadli badacze zajmujący się jednymi z najmniejszych bakterii. Już wcześniej zauważono, że w kilku grupach bakterii, a także u niektórych archeowców (o tym, czym są archeowce, pisałem tutaj i tutaj) występują geny kodujące białka praktycznie równie wielkie jak tytyna. Na przykład jeden z genów bakterii Chlorobium chlorochromatii (należącej do typu Chlorobiota, czyli zielonych bakterii siarkowych) koduje białko złożone z 36 806 aminokwasów. Wydaje się jednak, że wielkie geny występują szczególnie często u bakterii z grupy nazwanej Omnitrophota. Dokładniej mówiąc, jest to typ Ca. (Candidatus) Omnitrophota. Tak oznacza się proponowane jednostki taksonomiczne dobrze scharakteryzowane, ale obejmujące bakterie niezbadane szczegółowo, bo niedające się wyizolować i hodować w laboratorium. Określa się je często jako „ciemną materię” mikroświata. Wiemy, że jest jej mnóstwo, znamy wyrywkowo niektórych jej przedstawicieli, ale ogólnie jest to nadal terra incognita – teren przyszłych odkryć.

Ryc. 3.

O Omnitrophota wiadomo dość dużo z badań metagenomowych (czyli z analiz materiału genetycznego wyodrębnianego z różnych nisz ekologicznych), ale dopiero niedawno udało się podejrzeć niektóre z nich pod mikroskopem i utrzymać w warunkach laboratoryjnych. Z tego, co wiemy, jest to grupa różnorodna i bogata w gatunki, występująca praktycznie wszędzie w niezbyt zasolonych środowiskach beztlenowych: w wodach hydrotermalnych gejzerów i kraterów wulkanicznych, w glebie wokół korzeni roślin, w wodach gruntowych, w mulistych osadach, bagnach, ściekach, a nawet w jeziorach ukrytych pod lodami Antarktydy. Okazy, które udało się zaobserwować bezpośrednio, mają wielkość 200–300 nm (0,2–0,3 μm), czyli są niezwykle miniaturowe nawet jak na bakterie. Zarówno z tych obserwacji, jak i z analizy ich genów, wynika, że są to bakterie drapieżne lub pasożytnicze, atakujące inne bakterie i archeowce, a być może nawiązujące z nimi również stosunki symbiotyczne.

Bakteria z tej grupy, Ca. Velamenicoccus archaeovorus, kiedy występuje w towarzystwie archeowca Methanosaeta sp. (jednego z najbardziej rozpowszechnionych mikroorganizmów naszej planety), wydziela wyjątkowo duże białko, złożone z 39 678 aminokwasów i zawierające kilkaset domen. Prawdopodobnie wiąże się ono ze ścianą komórkową ofiary, trawi ją i otwiera bakterii dostęp do cytoplazmy. Gen tego białka stanowi ok. 6% całego genomu V. archaeovorus.

Ryc. 4.

Co kryje ciemna materia

Być może właśnie padł kolejny rekord. Badacze z Uniwersytetu Kalifornijskiego w Berkeley, przeglądając genomy Omnitrophota w poszukiwaniu olbrzymich genów, trafili na gen kodujący sekwencję 85 804 aminokwasów. Tak szokująco wielkie białko byłoby ponad dwa razy większe od dotychczasowych rekordzistów, w tym tytyny. Jaką funkcję może pełnić? Nie znaleziono samego białka ani jego fragmentów, tylko odpowiadające mu kodujące DNA. Co można z niego wywnioskować?

Dysponujemy obecnie narzędziem sztucznej inteligencji, rozwijanym i doskonalonym przez Google DeepMind – AlphaFold. Jest to program korzystający z samouczących się sieci neuronowych, przewidujący trójwymiarową strukturę białka na podstawie jego sekwencji aminokwasowej. Niestety AlphaFold, imponująco skuteczny w przypadku białek niewielkich albo średniej wielkości, radzi sobie tym gorzej, im dłuższą sekwencję musi zanalizować. Dla białek złożonych z kilkudziesięciu tysięcy aminokwasów nie dałby w ogóle sensownych wyników. Dlatego zastosowano pomysłową sztuczkę: podzielono gen na odcinki o długości około 1000 par zasad, częściowo nakładające się na siebie, zrekonstruowano odpowiadające im fragmenty białka za pomocą AlphaFold, po czym spróbowano złożyć je w spójną całość. Powstał obraz białka o wielu domenach, które mogłyby wiązać się ze ścianą komórkową, zawierającego także fragmenty bardziej zagadkowe, jak osobliwa struktura przypominającą rurkę, utworzona przez symetrycznie skręcone helisy białka.

Być może jest to kolejne olbrzymie białko używane przez nanobakterie jako broń myśliwska, nie wiemy jednak na pewno, czy produktem genu jest pojedyncza molekuła. Być może już w trakcie translacji syntetyzowana sekwencja jest cięta na kilka białek pełniących różne funkcje. Ani domniemane białko, ani produkująca je bakteria nie zostały na razie zaobserwowane bezpośrednio, odkrycie wymaga więc potwierdzenia innymi metodami. Wyniki zostały upublicznione w repozytorium bioRχiv, ale oczekują jeszcze na recenzje i publikację w ostatecznej formie. Trzeba więc zachować ostrożną rezerwę, ale jednocześnie podkreślić, że białka zbudowane z ponad 30 tysięcy aminokwasów to w świecie bakterii nic niezwykłego. Prawdziwych rekordzistów trzeba więc zapewne szukać właśnie tam.

Lektura uzupełniająca

Tytyna, największe ludzkie białko: https://pdb101.rcsb.org/motm/185.
Forma, funkcje i filogeneza tytyny: Linstedt & Nishikawa 2017.
Co wiemy o Ca. Omnitrophota: Seymour et al. 2023.
Wstępne doniesienie o genie-gigancie: Jacob West-Roberts et al. 2023.
Omówienie na łamach Nature: https://www.nature.com/articles/d41586-023-03937-z.

Opisy ilustracji

Ryc 1. Model (JSmol) fragmentu cząsteczki tytyny: sześć domen białkowych (spośród 244) połączonych ruchomymi „zawiasami″. Źródło: Protein Data Bank (domena publiczna).
Ryc 2. Tytyna (kolor żółty) tworząca z kilkoma innymi białkami sarkomery (jednostki funkcjonalne mięśnia poprzecznie prążkowanego), pokazane w fazie rozkurczu i skurczu. Źródło: David Goodsell 2015/Protein Data Bank (domena publiczna).
Ryc. 3. Gorące źródło Obsidian Pool w Parku Narodowym Yellowstone (Wyoming, USA), w którym po raz pierwszy odkryto DNA bakterii z proponowanego typu Omnitrophota (obok nadzwyczajnej różnorodności archeowców). Foto: Bob Lindstrom 1997. Źródło: Wikipedia (domena publiczna).
Ryc 4. Archeowiec Methanosaeta sp. (podłużne komórki tworzące włókniste kolonie, A) atakowany przez Ca. Velamenicoccus archaeovorus (małe okrągłe komórki, D). Niektóre komórki archeowca (B, C) są uszkodzone i martwe. Foto: Erhard Rhiel and Jens Harder/Institute of Chemistry and Biology of the Sea and Max Planck Institute for Marine Microbiology. Źródło: Predatory Bacteria (fair use).