Bakterie też mogą złapać wirusa. Autor: Zuzanna Kaźmierczak

Autorką poniższego wpisu jest Zuzanna Kaźmierczak, moja koleżanka z Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN i specjalistka od biologii molekularnej bakteriofagów. Możliwe, że dołączy na stałe do grona autorów. Dziś gościnnie u mnie.

W przyrodzie występują wirusy infekujące ludzi, zwierzęta, rośliny, a nawet bakterie. Te patogeny mikrobów to bakteriofagi (Ryc.1.), nazywane w skrócie fagami. Pisał o nich na blogu Piotr Gąsiorowski.

Ryc.1. Zdjęcie elektronowe bakteriofaga T4 zdolnego do zabijania komórek bakteryjnych E. coli. Fot. Zuzanna Kaźmierczak.

Trochę historii

Pierwsze wyniki obserwacji dotyczące „cząstek” zdolnych do niszczenia bakterii zostały przedstawione przez angielskiego bakteriologa Ernesta Hankina w 1896 roku. Pracując w Indiach, zaobserwował on przeciwbakteryjne właściwości wód Gangesu. Swoje spostrzeżenia opublikował w „L’action bactericide des eaux de la Jumna et du Gange sur le vibrion du cholera”. Jednak za odkrywców bakteriofagów uznaje się angielskiego bakteriologa Federicka Tworta (odkrycie w roku 1915) oraz kanadyjskiego mikrobiologa urodzonego we Francji Félixa d`Hérelle`a (1917), którzy niezależnie prowadzili badania nad tymi „cząstkami” zdolnymi do niszczenia bakterii oraz wyizolowali je i scharakteryzowali.

W erze przedantybiotykowej odkrycie bakteriobójczych wirusów niosło nadzieję dla wielu chorych cierpiących z powodu infekcji bakteryjnych. D`Hérelle był pierwszą osobą, która użyła fagów w leczeniu ludzi z zakażeniami bakteryjnymi. W roku 1919 w paryskim szpitalu przebywał dwunastoletni chłopiec chory na czerwonkę. D`Hérelle zaproponował nowatorską terapię leczenia małego pacjenta polegającą na wypiciu preparatu bakteriofagów. W tamtych czasach nie było jeszcze żadnych dowodów na ich skuteczność. Brakowało również badań dotyczących możliwych efektów niepożądanych, a ponadto samo istnienie bakteriofagów wciąż było przedmiotem spekulacji. W celu udowodnienia bezpieczeństwa preparatu fagowego d`Hérelle i kilku jego stażystów wypili przygotowany terapeutyk. Nie wystąpiły żadne skutki uboczne, więc zdecydowano się podać chłopcu fagi. U dziecka objawy choroby
zaczęły ustępować w ciągu następnych 24 godzin, a pacjent wkrótce wyzdrowiał. Po zastosowaniu terapii fagowej w kolejnych latach następni lekarze zaczęli stosować fagi. Jednak, gdy w roku 1928 odkryto pierwszy antybiotyk – penicylinę, zaczęto prowadzić zakrojone na szeroką skalę badania nad tymi substancjami bakteriobójczymi i ostatecznie to one stały się środkiem leczniczym z wyboru przez kolejne dekady. Niemniej, w byłym Związku Radzieckim i Europie Wschodniej naukowcy nadal zajmowali się badaniami nad możliwością stosowania fagów w medycynie. Instytut Giorgiego Eliavy w Gruzji przeprowadził jedno z największych badań klinicznych: wzięło w nim udział ponad 30 000 dzieci. Badano zapobiegawcze zastosowanie terapii fagowej przeciwko dyzenterii bakteryjnej. Dzieci, którym podawano preparaty fagowe, wykazywały istotnie mniejszą częstość infekcji. Do chwili obecnej Instytut G. Eliavy kontynuuje badania nad terapią fagową, a wiele preparatów jest dostępnych na rynku (Ryc. 2,3.).

Ryc.2. Oryginalne historyczne preparaty fagowe stosowane w Instytucie G. Eliavy w Gruzji (Fot. Zuzanna Kaźmierczak).

Ryc.3. Niektóre ze współcześnie dostępnych preparatów fagowych w Instytucie G. Eliavy w Gruzji (Fot. Zuzanna Kaźmierczak).

W Polsce badaniami z zastosowaniem bakteriofagów zajmował się także prof. Ludwik Hirszfeld, założyciel i dyrektor Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej Polskiej Akademii Nauk we Wrocławiu (IITD PAN). W roku 1948 wygłosił wykład zatytułowany: “Walka świata niewidzialnego z pozawidzialnym”, podczas którego przedstawił badania nad możliwością praktycznego stosowania fagów w medycynie. W tym samym roku opublikował pracę o zastosowaniu tych wirusów w diagnostyce duru brzusznego. Po śmierci Hirszfelda prof. Stefan Ślopek kontynuował badania nad fagami, m.in. aktywnymi wobec szczepów Shigella oraz stale wzbogacał kolekcję fagów IITD PAN utworzoną przez Hirszfelda. W latach 80. i 90. bakteriofagi były stosowane u dorosłych i dzieci w leczeniu zakażeń wywołanych przez bakterie Echerichia, Klebsiella, PseudomonasProteus i Staphylococcus. Obecnie terapia fagowa jest prowadzona od roku 2005 w Ośrodku Terapii Fagowej (IITD PAN we Wrocławiu) utworzonym przez prof. Andrzeja Górskiego. W Ośrodku pacjenci są kwalifikowani do eksperymentalnej terapii fagowej, a leczenie prowadzi się zgodnie z protokołem zatwierdzonym przez komisję bioetyczną. Ośrodek monitoruje również stan zdrowia pacjentów po zakończeniu terapii fagami.

Problem: antybiotykooporność

Obecnie ze względu na ogromny problem, jakim jest wciąż narastająca lekooporność bakterii, spowodowana m.in. nadużywaniem antybiotyków, bakteriofagi stanowią interesującą alternatywę w leczeniu zakażeń wywołanych przez bakterie oporne na antybiotyki. Bakteriofagi mają cechę, która czyni je szczególnie użytecznymi w porównaniu do antybiotyków. Antybiotyki zabijają różnorodne szczepy bakteryjne, włączając bakterie probiotyczne, podczas gdy fagi – ze względu na zdolność rozpoznawania konkretnych struktur na powierzchniach komórek bakteryjnych – są w stanie selektywnie zabijać określony gatunek, a nawet szczep bakterii. W efekcie podczas stosowania terapii fagowej możemy celować w określone bakterie, zabijając jedynie te patogenne przy zachowaniu probiotycznej mikrobioty. Liczne ośrodki w różnych zakątkach świata zajmują się badaniami nad biologią fagów oraz terapią z ich zastosowaniem. Jednym z najstarszych ośrodków jest wspomniany już wcześniej Instytut Eliavy w Gruzji. Również w Polsce w Ośrodku Terapii Fagowej IITD PAN we Wrocławiu jest obecnie prowadzona terapia z zastosowaniem bakteriofagów na zasadzie eksperymentu leczniczego u pacjentów, u których zastosowana antybiotykoterapia okazała się nieskuteczna lub jest przeciwwskazana, a wszystkie dostępne standardowe metody leczenia, które były zastosowane u pacjenta są niewystarczająco skuteczne. Szczegóły dotyczące kwalifikacji osób oraz stosowania fagów dostępne są na stronie internetowej Ośrodka Terapii Fagowej IITD PAN (OTF IITD PAN).

Inne zastosowania bakteriofagów

Ze względu na niezwykłe zdolności tych wirusów do selektywnego zabijania bakterii fagi znalazły zastosowanie również w dziedzinach innych niż medycyna, np. weterynaria, przemysł spożywczy, biotechnologia. 

Badania w dziedzinie weterynarii wykazują, że bakteriofagi są skuteczne w walce z chorobami takimi jak salmonelloza (powodowana przez bakterie Salmonella) i kampylobakterioza (Campylobacter) u drobiu lub zapalenie gruczołu mlekowego u krów (gronkowiec złocisty, Staphylococcus aureus). W badaniach dotyczących biologii fagów interesujący kierunek stanowią studia nad białkami, które tworzą kapsyd tych wirusów. Niektóre białka są zdolne do rozpoznawania konkretnych struktur na powierzchniach komórek bakteryjnych. Takie białka mogą być wykorzystywane jako biosensory. Standardowe metody wykrywania różnych gatunków bakterii, np. w pożywieniu, są czasochłonne, nietanie i złożone. Zastosowanie białek fagowych zdolnych do detekcji konkretnych struktur pochodzenia bakteryjnego (obecnych na zewnętrznej części komórek bakteryjnych) może pomóc przezwyciężyć ograniczenia dotychczas stosowanych metod detekcji. Bada się m.in. zastosowanie bakteriofagów w wykrywaniu patogenów powodujących zakażenie gruczołu mlekowego u bydła lub w przypadku określenia zakażenia konkretnych produktów spożywczych szczepami bakterii patogennych.

Fagi w przemyśle spożywczym

Bakteriofagi mogą być również stosowane w przemyśle spożywczym w celu wyeliminowania patogennych bakterii. W przypadku produktów pochodzenia zwierzęcego zagrożenie dla zdrowia ludzi stanowi bakterie z rodzaju Listeria. Po spożyciu zakażonego mięsa lub produktów mlecznych, bakterie te wywołują chorobę listeriozę, która charakteryzuje się występowaniem gorączki, nudności, biegunki, a czasami – szczególnie u osób z obniżoną odpornością – może doprowadzić do zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych lub sepsy. Amerykańska Agencja ds. Żywności i Leków (Food and Drug Administration, FDA) w 2006 r. zatwierdziła użycie preparatu fagowego w przemyśle spożywczym w celu usuwania bakterii Listeria. Również w przypadku takich bakterii jak E. coli oraz Salmonella preparaty bakteriobójcze zawierające bakteriofagi wykazały wysoką skuteczność. Ze względu na selektywność działania fagów, mogą one być stosowane jako dodatki do żywności (zwłaszcza nabiału): zabijać szkodliwe szczepy bakterii przy jednoczesnym zachowaniu bakterii probiotycznych.

Białka fagowe jako czynniki bakteriobójcze

Nie tylko fagi, ale też ich białka mogą znaleźć zastosowanie w medycynie jako czynniki bakteriobójcze. Jednym z przykładów są endolizyny – białka obecne w bakteriofagach, zdolne do niszczenia składników ściany komórkowej bakterii takich jak peptydoglikan (inaczej mureina), który składa się z długich łańcuchów polisacharydowych, usieciowanych przez mostki peptydowe (Ryc.4.). Białka fagowe można poddawać modyfikacjom, np. w celu zwiększenia ich stabilności w wyższej temperaturze lub w celu poszerzenia spektrum bakteriobójczego. Prace badawcze w licznych ośrodkach w wielu krajach wykazują, że w przypadku, gdy bakterie nabędą cechy oporności na antybiotyk, np. wytwarzając enzym, który go rozkłada, to nie mogą nabyć oporności na białko bakteriofaga, które samo jest enzymem rozkładającym składnik ściany komórkowej bakterii. Należy jednak pamiętać, że bakterie nie są całkiem bezbronne wobec bakteriofagów i wytworzyły wiele metod obrony – enzymy restrykcyjne czy system CRISP to tylko niektóre przykłady.

Ryc. 4. Mechanizm działania endolizyn. Źródło: : Murray et al. 2021, Viruses 202113(4), 680. Licencja: CC BY 4.0.

Przyszłość terapii chorób powodowanych przez bakterie?

Odkrycie wirusów o zdolnościach bakteriobójczych i efekty przeprowadzonych badań dotyczących ich biologii wniosły istotny wkład w rozwój wielu dziedzin, m.in. mikrobiologii, medycyny i biotechnologii. Bakteriofagi nadal są przedmiotem badań, a ich potencjał może być wykorzystywany w różnorodnych dziedzinach. Fagi stanowią doskonały przykład, jak jedno odkrycie wynikające z obserwacji otaczającego świata może wpłynąć na całą dziedzinę nauki i przyczynić się do poprawy zdrowia ludzi na całym świecie.

Literatura uzupełniająca

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/med.21593

https://europepmc.org/article/med/35248167

https://www.mdpi.com/1999-4915/13/4/680

http://www.przeglad-urologiczny.pl/artykul.php?3119

Co zawdzięczamy wirusom (6): nowy obraz ewolucji życia

Inne wpisy z tej serii:
Co zawdzięczamy wirusom (1): kilka pytań fundamentalnych
Co zawdzięczamy wirusom (2): bakteriofagi, czyli wielopoziomowa gra strategiczna
Co zawdzięczamy wirusom (3): podstępni włamywacze, czyli wirusy w stylu retro
Co zawdzięczamy wirusom (4): dygresja o naszym genomie i ukrytych w nim wirusach
Co zawdzięczamy wirusom (5): nie ma tego złego, co by na dobre nie wyszło

Jeszcze raz: czym są wirusy?

Badania ostatnich kilkudziesięciu lat, zwłaszcza wskutek postępu, jaki się dokonał  w genetyce i biologii molekularnej, gruntownie zmieniły naszą wiedzę o wirusach (zresztą podobnie jak o organizmach komórkowych). Dość powiedzieć, że o ile pół wieku temu wirusy dzielono umownie na dwie rodziny, dziś klasyfikacja ICTV (Międzynarodowego Komitetu Taksonomii Wirusów) wyróżnia 6 domen, 10 królestw, 72 rzędy i 264 rodziny (nie wspominając o wielu wirusach o niepewnym stanowisku systematycznym), przy czym liczby te rosną dosłownie z miesiąca na miesiąc i jest jasne, że wirusy dotąd zbadane i opisane stanowią tylko ułamek ich rzeczywistej różnorodności.

Badania nad genomiką porównawczą wirusów i nad ich związkami z poszczególnymi grupami organizmów komórkowych rzuciły wreszcie trochę światła na zagadkę pochodzenia wirusów. Opisane w poprzedniej części cyklu innowacje ewolucyjne, które zawdzięczamy wirusom, bledną wobec hipotez, wg których np. DNA i mechanizmy jego replikacji zostały „wynalezione” przez wirusy w czasach, gdy życie komórkowe stawiało pierwsze kroki i było wciąż oparte na RNA jako nośniku informacji.1 Wirusy mogły także odegrać znaczącą rolę w ewolucji eukariontów, uczestnicząc w procesach, które doprowadziły do utworzenia jądra komórkowego. Są to koncepcje spekulatywne, ale traktowane poważnie.

W odróżnieniu od organizmów komórkowych wirusy nie mają uniwersalnego zestawu genów/białek, których homologi (formy sprowadzalne do wspólnego przodka) występowałyby we wszystkich liniach ewolucyjnych. Białka tworzące kapsydy wirusów wyewoluowały niezależnie co najmniej dwa razy, a między różnymi liniami wirusów często zachodziła wymiana poszczególnych modułów genomu, dlatego ich genealogia niekoniecznie układa się w eleganckie drzewo rodowe, ale miejscami przypomina splątany krzak. Znaczna część genów wirusowych nie ma w ogóle odpowiedników wśród organizmów komórkowych. Jeśli wirusy są reliktami świata starszego niż LUCA (ostatni wspólny przodek współczesnych organizmów komórkowych), to mogą przechowywać zakonserwowaną genetycznie informację o wczesnych odgałęzieniach „drzewa życia”, które nie pozostawiły po sobie komórkowych potomków.

Wirusy olbrzymie

Dwadzieścia lat temu (w roku 2003) opisano pierwszego z wirusów-gigantów, zaliczanych obecnie do klasy Megaviricetes. Wraz z dwiema innymi grupami (do których należy np. ASFV, czyli wirus afrykańskiego pomoru świń, oraz cała rodzina wirusów ospy) tworzą one typ Nucleocytoviricota, czyli wirusów olbrzymich w szerszym sensie. Tym gigantem był Mimivirus, pasożytujący na pełzakach Acanthamoeba polyphaga. Kapsyd mimiwirusa ma średnicę ok. 0,5 μm, a wraz z otaczającymi go białkowymi włókienkami – 0,75 μm. Oznacza to, że jest on widoczny pod mikroskopem optycznym. Z tego powodu, choć mimiwirusy obserwowano już we wczesnych latach dziewięćdziesiątych XX w., przez ponad dziesięć lat lat brano je omyłkowo za bakterie.

Mimiwirusy są nie tylko duże, ale i skomplikowane. Mają genomy o długości ponad miliona par zasad, zawierające około tysiąca genów (a nawet ok. 10% DNA „śmieciowego”, co wśród wirusów jest ewenementem). Niektóre z tych genów zawierają introny i są poddawane splicingowi, jak typowe geny eukariontów. Po co wirusowi tak ogromna liczba genów? Oprócz genów normalnie występujących u wirusów (kodujących białka strukturalne i kilka enzymów, bez których wirus nie mógłby się powielać) mimiwirus zawiera też mnóstwo takich, których spodziewano by się wyłącznie u organizmów komórkowych. Kodują one np. swoiste enzymy katalizujące wiązanie poszczególnych aminokwasów z transportowym RNA (syntazy aminoacylo-tRNA), czynniki translacyjne, własną unikatową rodzinę cytochromów P450 (jedną z ich licznych funkcji jest unieszkodliwianie obcych toksyn), białka odpowiedzialne za metabolizm aminokwasów, lipidów i polisacharydów, syntezę nukleotydów czy naprawę DNA. Są tam także geny niekodujące, służące do produkcji tRNA. Funkcja większości genów mimiwirusów pozostaje nieznana i być może jeszcze nas zaskoczy.

Oznacza to, że mimiwirus nie zdaje się na to, co znajdzie u gospodarza, ale włamuje się z całą ciężarówką własnych narzędzi i zakłada fabrykę swoich kopii, funkcjonującą jak organellum komórki żywicielskiej. Ponieważ taką fabrykę mogą wziąć na cel wirofagi (wirusy pasożytujące na wirusach olbrzymich), mimiwirus posiada też zapisane w DNA środki obrony przed wirofagami. Z punktu widzenia koncepcji wirocelu, o której wspominałem na początku tego cyklu, wewnątrzkomórkowe stadium życia mimiwirusa trudno określić inaczej niż jako organizm – i to dość skomplikowany.

Ryc. 1.

Mimivirus wyglądał początkowo na wybryk natury, ale poszukiwania innych wirusów tego typu szybko doprowadziły do podobnych odkryć. Obecnie (1 września 2023 r.) Nucleocytoviricota dzielone są roboczo na 11 rodzin i 54 rodzaje, ale jest oczywiste, że rzeczywista liczba jednostek taksonomicznych w randze rodzin powinna raczej iść w dziesiątki, a rodzajów –  w setki (i dotyczy to wirusów już zaobserwowanych, a nie tych jeszcze nieodkrytych).2 Nie wszyskie są naprawdę olbrzymie, ale rekordziści budzą respekt: mogą mieć kapsydy o długości 1,5 μm (czyli niewiele mniejsze niż komórka bakterii z modelowego gatunku Escherichia coli) albo genomy o długości ok. 2,5 mln par zasad. Zestaw genów odkryty  mimiwirusa nie jest dziwacznym wyjątkiem, ale powszechną cechą wirusów olbrzymich.

O ile początkowo znajdowano gigantyczne wirusy w dość specyficznych środowiskach, obecnie wydaje się, że można na nie natrafić właściwie wszędzie. Wskazują na to badania metagenomowe, identyfikujące ich DNA w rozmaitych środowiskach. Aby potwierdzić ich obecność za pomocą danych morfologicznych, ostatnio zespół mikrobiologów zbadał pod transmisyjnym mikroskopem elektronowym próbki gleby leśnej pobranej z amerykańskiej stacji badań ekologicznych Harvard Forest w stanie Massachussetts, należącej do Uniwersytetu Harvarda. Poszukiwano tworów, które mogłyby być wirionami wirusów olbrzymich. Znaleziono ich setki o najrozmaitszych kształtach, w tym wiele „klasycznych” kapsydów dwudziestościennych, albo pozbawionych dodatków, albo otoczonych włókienkami (jak u mimiwirusa), zaopatrzonych w symetrycznie rozłożone wypustki lub rurkowate ogonki (jak u rodzaju Tupanvirus). Niektóre mają kształt owalny (jak u rodzajów Pandoravirus czy Pithovirus). Sam wygląd nie stanowi niezbitego dowodu, że mamy do czynienia z wirusami, potrzebne są zatem dalsze badania, ale właściwie trudno sobie wyobrazić, czym innym mogłyby być te wirusopodobne cząstki.3

Ryc. 2.

Wirusy olbrzymie z rzędu Algavirales występują szczególnie obficie w środowiskach wodnych, gdzie infekują planktoniczne eukarionty należące do rozmaitych gałęzi drzewa życia. Jednym z nich jest Chlorovirus, którego liczne gatunki pasożytują na jednokomórkowych zielenicach. Jest go tyle, że dla niektórych orzęsków (np. pantofelków, czyli Paramecium) stanowi istotny składnik pokarmowy. Orzęski z rodzaju Halteria są jedynymi znanymi eukariontami, które potrafią przeżyć na diecie złożonej z samych chlorowirusów. W warunkach laboratoryjnych jeden osobnik halterii konsumuje od 10 tys. do miliona wirusów dziennie. Szacuje się, że w niewielkim stawie populacja halterii pożera 1014–1016 (od stu bilionów do stu bilardów) wirusów olbrzymich na dobę, przy czym sama stanowi pokarm dla zooplanktonu. Ten łańcuch pokarmowy  ma zauważalny wpływ na obieg węgla, azotu i fosforu w tym ekosystemie.

Epilog  z morałem

Wirusy nie mają własnego stadium komórkowego, choć można powiedzieć, że są „porywaczami ciał”, uprowadzającymi i wykorzystującymi do własnych celów fenotypy organizmów komórkowych. Nie produkują rybosomów (które są wspólnym dziedzictwem wszystkich potonków LUCA), a zatem nie syntetyzują białek samodzielnie. Do przenoszenia swojego materiału genetycznego używają kapsydów, których białka tworzy gospodarz na podstawie specyfikacji dostarczonej przez wirusa. Czasem pożyczają geny gospodarza, ale częściej same są źródłem innowacji genetycznych i przenoszą do świata organizmów komórkowych geny i białka wcześniej w nim nieznane. Gdziekolwiek występuje życie komórkowe, tam można znaleźć także wirusy, nie ma więc przed nimi ucieczki. Na szczęście jest to naturalny stan rzeczy od około czterech miliardów lat, więc poza epizodami drastycznego naruszenia równowagi wirus–gospodarz koegzystujemy sobie dość harmonijnie.

Tradycyjne wyobrażenie o wirusach jako prymitywnych „czynnikach zakaźnych, których nie zatrzymują porcelanowe sączki bakteryjne”, należących bardziej do świata chemii niż biologii4, jest dziś kompletnie anachroniczne. Wirusy są tak ważnymi uczestnikami życia na Ziemi i jego ewolucji, że akademickie pytanie, czy same wirusy są żywe, w ogóle przestaje mieć znaczenie. I to także zawdzięczamy wirusom: zrozumienie, że definicja życia jest nieostra i że na jego ewolucję trzeba patrzeć z szerokiej perspektywy, w której historia wirusów nie jest przypisem, ale jednym z centralnych rozdziałów.

Przypisy

1) Wirusy mogą oczywiście używać zarówno RNA, jak i DNA w wersji jednoniciowej lub dwuniciowej, ale odwrotna transkrypcja, czyli przepisywanie informacji genetycznej z RNA na  DNA jest specjalnością retrowirusów (w szerokim sensie).
2) Patrz https://ictv.global/taxonomy (domena Varidnaviria, królestwo Bamfordvirae, typ Nucleocytoviricota).
3) Artykuł opisujący te obserwacja dostępny jest w postaci preprintu dopiero oczekującego na recenzje i publikacje: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.30.546935v1.full
4) Wendell M. Stanley otrzymał w roku 1946 r. nagrodę Nobla nie z „fizjologii i medycyny”, ale z chemii za „wyizolowanie wirusa mozaiki tytoniu w czystej formie krystalicznej”.

Lektura dodatkowa

Embarras de richesse, czyli problemy z klasyfikacją wirusów i potrzeba reformy: https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3001922
Czego dowiadujemy się o ewolucji od wirusów: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3755228/
Wirusy olbrzymie: https://www.sciencenews.org/article/meet-giants-among-viruses
Wirusy olbrzymie a eukarionty i jądro komórkowe: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369527416300017, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168170220310753
Wirusożerne orzęski: https://www.sciencenews.org/article/first-microbes-eat-virus-virovory-algae

Opisy ilustracji

Ryc. 1. Rekonstrukcja drzewa filogenetycznego wybranych wirusów olbrzymich (Nucleocytoviricota). Według obecnego stanu wiedzy drzewo to jest o wiele większe i bardziej skomplikowane. Jest ono zakorzenione w czasach poprzedzająych pojawienie się ostatniego wspólnego przodka organizmów komórkowych (LUCA). Źródło: Colson et al. 2011 (licencja CC BY 3.0).
Ryc. 2. Niektóre z typów morfologicznych potencjalnych wirionów wirusów olbrzymich z Harvard Forest. Źródło: Fischer et al. 2023 (bioRχiv preprint, licencja CC BY-NC-ND 4.0).

Co zawdzięczamy wirusom (5): nie ma tego złego, co by na dobre nie wyszło

Inne wpisy z tej serii:
Co zawdzięczamy wirusom (1): kilka pytań fundamentalnych
Co zawdzięczamy wirusom (2): bakteriofagi, czyli wielopoziomowa gra strategiczna
Co zawdzięczamy wirusom (3): podstępni włamywacze, czyli wirusy w stylu retro
Co zawdzięczamy wirusom (4): dygresja o naszym genomie i ukrytych w nim wirusach
Co zawdzięczamy wirusom (6): nowy obraz ewolucji życia

Wirus odwdzięcza się za gościnę

W drugim odcinku niniejszej serii była mowa o tym, jak bakteriofagi potrafią przynieść korzyść bakterii, w której genomie umieściły swojego uśpionego profaga, powielającego się niezłośliwie w cyklu lizogenicznym. Jedną z korzyści była ochrona przed ponowną infekcją tym samym lub blisko spokrewnionym wirusem. Czy coś podobnego działa także w przypadku retrowirusów atakujących kręgowce? Aczkolwiek nie wchodzi tu w grę mechanizm stosowany przez fagi, wiele badań wskazuje, że produkty ekspresji genów pochodzących od retrowirusów endogennych (ERV) mogą wpływać na układ odpornościowy, a ponadto na różne, nie do końca zbadane sposoby bezpośrednio ograniczać zdolność wirusów egzogennych do infekowania komórek i skutecznego przeprowadzania odwrotnej transkrypcji.

Jeśli endogenizacja zachodzi w warunkach długotrwałej epidemii (kiedy jeden z typów retrowirusa chorobotwórczego może zakażać komórki linii płciowej i instalować swojego prowirusa w ich DNA, po czym łagodnieć wskutek gromadzenia się mutacji), może się zdarzyć, że nosiciele prowirusa uzyskują zwiększoną odporność na zakażenie typem egzogennym. Wydaje się, że coś w tym rodzaju obserwujemy w przypadku retrowirusa KoRV infekującego koale (Phascolarctos cinereus). Wirus ten wywołuje objawy podobne do AIDS u ludzi, choć łagodniejsze: osłabienie układu odpornościowego i w konsekwencji podatność na nowotwory złośliwe i zakażenia oportunistyczne (głównie chlamydiozę).

Ryc. 1.

Jeden z typów KoRV jest zdolny do zakażania bardzo różnorodnych rodzajów komórek, także należących do linii płciowej, i ma w związku z tym skłonność do endogenizacji. Jest to proces ewolucyjny odbywający się na naszych oczach: niektóre populacje koali są w ogóle wolne od KoRV, inne są zakażone praktycznie w 100%. Prowirus w komórkach linii płciowej może ulegać rekombinacji z innymi, dawno zdegradowanymi retrowirusami endogennymi, czego wynikiem są warianty zawierające defekty. Są one wciąż zdolne do namnażania się przez retrotranspozycję i wywoływania szkód, ale mniej zjadliwe niż kompletna forma wyjściowa. Mogą zatem szerzyć się w populacji kosztem nieuszkodzonego wirusa, jednocześnie zapewniając nosicielom zwiększoną odporność na zakażenie egzogennymi krewniakami.1 Dobór może w takiej sytuacji premiować mniejsze zło chroniące przed większym. Niewykluczone, że jest to jeden z częstych scenariuszy skutecznego utrwalania się ERV w genomach gospodarzy.

Pół miliarda lat wyścigu zbrojeń

Kręgowce (Vertebrata) są zaopatrzone w wyjątkowy system odpornościowy, w którym oprócz powszechnej wśród eukariontów odporności nieswoistej (wrodzonej) kluczową rolę odgrywa wysoce zaawansowana odporność swoista (adaptacyjna). System ten, oparty na aktywności limfocytów i komórek prezentujących antygeny, potrafi rozpoznawać olbrzymią liczbę nowych „substancji obcych”, wiązać je za pomocą precyzyjnie dobranych przeciwciał i niszczyć, a także przechowywać pamięć o nowo napotkanych antygenach. Dzieje się to dzięki generowaniu ogromnej zmienności przeciwciał (immunoglobulin) i receptorów limfocytów B i T. Ich geny tworzone są przez składanie (rekombinację) kilku modułów losowo wybranych z puli kilkuset genów obecnych w genomie, a następnie dodatkową modyfikację produktu tego składania. Liczba potencjalnie wytwarzanych przeciwciał jest zatem miliony razy większa niż liczba dziedziczonych genów kodujących przeciwciała. Zauważmy, że ponieważ proces rekombinacji i selektywnego powielania przeciwciał pasujących do antygenów zachodzi w komórkach somatycznych, jakimi są limfocyty, jego wynik nie jest dziedziczony z pokolenia na pokolenie. Każdy osobnik rozwija własną, indywidualną odporność swoistą.

Odporność swoista wyewoluowała najprawdopodobniej w kambrze, ok. 500 mln lat temu. Bezżuchwowce (śluzice i minogi), czyli linie rodowe najdawniej oddzielone od reszty kręgowców, posiadają system alternatywny, który powstał w dużym stopniu niezależnie, choć działa w nieco analogiczny sposób. Zamiast immunoglobulin (białek dopasowywanych do antygenów) rolę przeciwciał odgrywają w nim zmienne receptory limfocytów.

System odporności swoistej pozostałych kręgowców, czyli żuchwowców (Gnathostomata) nie został odziedziczony po dalekich przodkach, ale rozwinął się w stosunkowo krótkim czasie między ostatnim wspólnym przodkiem wszystkich kręgowców a rozejściem się linii ewolucyjnych chrzęstnoszkieletowych i kostnoszkieletowych (u obu grup zasadniczo ten sam system istnieje w rozwiniętej formie).2 Jest to fakt zastanawiający, bo choć rozmaite elementy uczenia się reakcji na antygeny i pamięci immunologicznej występują także u innych organizmów (nie wyłączając prokariontów), różnica jakościowa między tymi rozwiązaniami  prekursorowymi a systemem odporności kręgowców jest uderzająca.

Powstanie tak skutecznej ochrony przed patogenami zbiegło się w czasie z pojawieniem się właściwych retrowirusów (rodzina Retroviridae), które współcześnie atakują wyłącznie kręgowce. Ponieważ retrowirusy są pasożytami wyrafinowanymi, stosującymi pomysłowe strategie w celu uniknięcia rozpoznania i eliminacji przez organizm gospodarza, a przy tym szybko ewoluującymi, można podejrzewać, że z kolei adaptacyjny system odporności swoistej pojawił się jako odpowiedź kręgowców w wyścigu zbrojeń z wirusami.

Kluczowym składnikiem systemu są RAG1 i RAG2, czyli „geny aktywujące rekombinację”, ulegające ekspresji w rozwijających się limfocytach B i T. Kodowane przez nie enzymy (oczywiście nie samodzielnie, ale z pomocą innych białek) regulują proces wycinania, tasowania i łączenia wspomnianych wyżej modułów. Od dość dawna wiadomo, że geny RAG są spokrewnione z genem kodującym transpozazę używaną przez transpozony DNA z grupy nazywanej Transib (transpozaza jest to enzym umożliwiający elementom ruchomym przemieszczanie się w genomie metodą „wytnij i wklej”). Co dziwne, transpozony Transib nie występują u kręgowców, choć można je znaleźć u zwierząt dość blisko z nimi spokrewnionych, np. szkarłupni. W 2016 r. odkryto u lancetnika Branchiostoma belcheri transpozon, który wydaje się „żywą skamieniałością”: w odróżnieniu od swoich krewniaków zawiera odpowiedniki obu genów RAG. Lancetniki nie są kręgowcami, ale należą wraz z nimi do typu strunowców (Chordata). Skoro zatem prekursor kompleksu RAG istniał u prymitywnych strunowców (po czym jego oryginalna forma zanikła w linii rodowej kręgowców), hipoteza zakładająca transpozonowe pochodzenie genów sterujących systemem odporności swoistej stoi na pewniejszym gruncie.

Transpozony DNA tego konkretnego typu trudno nazwać wirusami: ich pochodzenie ginie gdzieś w mrokach wczesnej ewolucji życia na Ziemi i brak dowodów na ich wirusową genealogię; ale są to w każdym razie elementy na ogół „pasożytnicze”, powielające się samolubnie. W tym przypadku jednak ich enzymy zostały wykorzystane przez gospodarza (przodka żuchowców) w nowej funkcji, robiąc zawrotną karierę na jego usługach.

Ssaki, białka osłonki i żyworodność

Często się zdarza, że jakiś produkt ewolucji, ukształtowany pod naciskiem selekcyjnym tak, aby sprawnie pełnić jakieś funkcje biologiczne, okazuje się nagle przydatny w zupełnie nowych zastosowaniach. Zjawisko to nazywamy egzaptacją albo kooptacją. Często prezentowanym przykładem są pióra, które wyewoluowały jako wielofunkcyjna okrywa ciała dinozaurów, ale tylko w jednej z ich linii rodowych – u przodków ptaków – okazały się dodatkowo przydatne jako powierzchnia nośna umożliwiająca aktywny lot. Inny przykład to język, pełniący u czworonogów najrozmaitsze fukcje, a u człowieka zaadaptowany jako jeden z najważniejszych narządów mowy (przy zachowaniu wielu dawnych funkcji). Ponieważ wirusy endogenne przez pewien czas pozostają aktywne jako potencjalne źródło produktów zakodowanych w prowirusie, należy się spodziewać, że od czasu do czasu któryś z tych produktów przyda się gospodarzowi i zostanie przejęty w celu pełnienia nowej funkcji.

Wspominałem w poprzednim wpisie, że jedną z cechą charakterystycznych retrowirusów endogennych (w odróżnieniu od innych retrotranspozonów LTR) jest zachowanie śladów genów zwanych env, kodujących białka, które wchodzą w skład lipidowej osłonki wirusa (zwykle jako glikoproteinowe wypustki/kolce na jego powierzchni). Białka tego typu wiążą się z receptorami błonowymi komórek i umożliwiają fuzję błony komórki i osłonki wirusa. Dzięki tym mechanizmom retrowirus przeprowadza „abordaż” i wtargnięcie do infekowanej komórki, a po zakończeniu cyklu replikacyjnego jego młode wiriony mogą opuścić komórkę.

Białka env mogą zatem stanowić coś w rodzaju „rozpuszczalnika molekularnego”, powodującego fuzję błon komórkowych i kontrolowane (w odróżnieniu od patologicznego) zlewanie się komórek w olbrzymie wielojądrowe syncytia. Z takich syncytiów składa się syncytiotrofoblast, końcowa część łożyska, wnikająca w ścianę macicy.3 Syncytium maksymalizuje powierzchnię wymiany składników odżywczych między matką a zarodkiem/płodem, zarazem stanowiąc barierę dla komórek układu odpornościowego matki. Nie pozostawia bowiem przestrzeni międzykomórkowej, przez które mogłyby się one prześliznąć i zaatakować „obcy” organizm potomka.

Białka biorące udział w tworzeniu synctytiów łożyska, zwane syncytynami, są w prostej linii potomkami białek env „pożyczonych” od retrowirusów i kooptowanych w nowej roli. Wirusy, które ich użyczyły, są od dawien dawna nieaktywne. Moduły prowirusa kodujące białka kapsydu i enzymy umożliwiające odwrotną transkrypcję zostały nieodwracalnie uszkodzone przez liczne mutacje. Natomiast gen env dostał „nowe życie” jako kluczowy element procesu reprodukcyjnego ssaków żyworodnych.

Przygoda ssaków z białkami erv musiała się zacząć już u wspólnych przodków kladu Theria, zanim rozwidliły się linie ewolucyjne łożyskowców (Eutheria) i torbaczy (Metatheria) – czyli zapewne we wczesnej jurze (ok. 190 mln lat temu). Torbacze także tworzą łożysko i także wykorzystują w tym celu białka typu syncytyn.4 Zupełnie niezależnie od ssaków ryby żyworodne (np. piękniczkowate, Poeciliidae) i niektóre jaszczurki (afrykańskie scynki Lubuya ivensii) wykształciły struktury pełniące rolę łożyska i – co już chyba nie powinno dziwić – również zaadaptowały do ich budowy retrowirusowe białka env.

Ryc. 2.

Co ciekawe, uzależniwszy się od pożyczonego białka, ssaki nie zadowoliły się jednorazową egzaptacją genu env, ale co pewien czas (zwykle co kilkadziesiąt milionów lat) wymieniają go na „nowy model”. W różnych liniach rozwojowych łożyskowców następowało pozyskiwanie nowych wariantów erv od retrowirusów endogennych, a także utrata wariantów odziedziczonych po dalszych przodkach. Dwie syncytyny, które ulegają ekspresji u człowieka, są stosunkowo niedawnego pochodzenia. Gen kodujący syncytynę-1 występuje u małp wąskonosych, ale nie szerokonosych, został zatem egzaptowany 30–35 mln lat temu, już po zróżnicowaniu się małp na te dwie grupy. Gen starszej syncytyny-2 występuje u wszystkich małp, choć brak go u wyraków i małpiatek, liczy więc sobie zapewne ok. 40–45 mln lat.

Wirusy a układ nerwowy

Wciąż słabo poznany, ale jak się zdaje, bardzo ważny wkład wirusów w naszą ewolucję zawdzięczamy retrotranspozonom LTR typu TY3-gypsy, czyli prastarym wirusom z rodziny Metaviridae. Pożyczony z ich arsenału gen ARC – a właściwie rodzina genów, której protoplasta pojawił się u wspólnego przodka czworonogów (Tetrapoda) jakieś 350 mln lat temu – ulega ekspresji w komórkach układu nerwowego. ARC zachowuje się podobnie jak wirus: produkuje białko, które z kolei oddziałuje z kodującym je mRNA, obudowując je płaszczem przypominającym kapsyd. Powstające w ten sposób wirusopodobne cząsteczki przekazywane są przez zakończenia synaps, „zakażając” kolejne neurony.

O tym, co dokładnie zachodzi wskutek tej międzykomórkowej wymiany mRNA i jakiego typu informacja jest przekazywana, niewiele jeszcze da się powiedzieć, ale z badań, w których mysi gen ARC poddawano inaktywacji lub wyciszaniu, wynika, że od jego aktywności zależy plastyczność synaps, a pośrednio – organizacja pracy neuronów opraz procesy związane z uczeniem się i pamięcią długotrwałą. Być może nasze zdolności poznawcze, inteligencję i świadomość również w dużym stopniu zawdzięczamy egzaptacji elementów dostarczonych przez wirusy.

Morał

Przykłady wykorzystania elementów genetycznych pochodzenia wirusowego lub transpozonowego przez gospodarzy należących do różnych gałęzi drzewa życia można by długo wyliczać. Wpis na blogu musi zachować rozsądną objętość,  mogłem więc skrótowo zaprezentować tylko kilka z nich. Każdy rok przynosi zaskakujące odkrycia w tej dziedzinie. Nawet ta skromna próbka dowodzi jednak, że to, czym jesteśmy i w jaki sposób przebiegała ewolucja naszych przodków, w znacznym stopniu zależało od działalności wirusów. Tych samych, które infekują nasze komórki i są na ogół sprawcami chorób, często cierpienia i śmierci – a jednak czasem okazują się czynnikiem stymulującym ewolucję albo bezpośrednim źródłem ważnych, a nawet przełomowych innowacji biologicznych.

Faktem jest, że przeważająca większość sekwencji wirusowych i transpozonowych gromadzących się w genomie ulega typowej pseudogenizacji. To, co zostaje poddane „recyklingowi” i wtórnie wykorzystane (egzaptowane geny kodujące białka, sekwencje generujące użyteczne RNA, różnego rodzaju elementy regulatorowe) stanowi w gruncie rzeczy niewielką część pierwotnej zawartości „pasożytniczych” fragmentów DNA (endogennych wirusów, wszelkich retrotranspozonów czy transpozonów DNA) i jeszcze mniejszą część całego genomu. Wirusy nie są z natury ani naszymi wrogami, ani przyjaciółmi, ani narzędziami w ręku jakiejś siły wyższej. Działają bez świadomego celu, tak ukształtowane przez ewolucję, żeby jak najskuteczniej dbać o własny interes. Ale od czasu do czasu wynika z tego znacząca korzyść dla ich „ofiar”, a zatem pamiętajmy, że także z naszego ludzkiego punktu widzenia wirusy nie zasługują na to, żeby postrzegać je stereotypowo jako jednoznaczne zło i zagrożenie.

Przypisy

1) Nie oznacza to, że przyszłość koali rysuje się różowo. Ich populacje są zagrożone z wielu całkiem innych przyczyn (utrata i fragmentacja siedlisk, pożary lasów, konskewencje masowych polowań w przeszłości). Od początku XX w. do naszych czasów liczba koali skurczyła się prawdopodobnie o 99%. W tej sytuacji trwająca epidemia może być gwoździem do trumny gatunku niezależnie od naturalnych procesów endogenizacji wirusa, których zrozumienie jest ważne dla prób opracowania skutecznych szczepionek przeciwko KoRV.
2) Człowiek należy do żuchwowców, a w ich obrębie do kostnoszkieletowych (Osteichthyes). Celowo unikam tu nazwy „ryby kostnoszkieletowe”, bo „ryby” to termin nieformalny, a klad kostnoszkieletowych obejmuje nie tylko ryby. Jedną z grup kostnoszkieletowych są mięśniopłetwe (Sarcopterygia), do których spośród organizmów współczesnych należą trzonopłetwe, dwudyszne i czworonogi (czyli płazy, gady wraz z ptakami i ssaki). Kiedy mówimy o koewolucji kręgowców i wirusów, ważne jest zrozumienie, jak wygląda drzewo rodowe tych pierwszych i gdzie należy w nim szukać rodowodu człowieka.
3) Upraszczam tu skomplikowaną historię ewolucji łożyska, które u ssaków należy do najbardziej zmiennych i najszybciej ewoluujących struktur anatomicznych (co ma związek z egzaptacją białek wirusowych). Powyższy opis dotyczy w każdym razie łożyska człowieka i małp wąskonosych.
4) Wbrew rozpowszechnionym przekonaniom o „prymitywizmie” torbaczy, to biologia rozwojowa łożyskowców jest w większym stopniu odziedziczona po wspólnych przodkach, a reprodukcja torbaczy, z krótką ciążą i długotrwałym „donoszeniem” młodych w torbie lęgowej, jest innowacją tej grupy (i nie stanowi stadium przejściowego między jajorodnością pierwszych ssaków a sposobem reprodukcji łożyskowców). W tym sensie to torbacze są grupą „bardziej zaawansowaną ewolucyjnie”.

Lektura dodatkowa

Ewolucja retrowirusa KoRV w populacji koali: https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/jgv/10.1099/jgv.0.001304
Popularne streszczenie: https://www.nottingham.ac.uk/news/koala-genetics
Rekombinacja jako wstęp do „udomowienia” zjadliwego retrowirusa: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6112702/
Ewolucja syncytyn u łożyskowców: https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rstb.2012.0507
Torbacze jako ssaki „zaawansowane ewolucyjnie”: https://www.nhm.ac.uk/discover/news/2023/may/marsupials-might-be-the-more-evolved-mammals.html
Jak działa „wirus kognitywny”, czyli gen ARC: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867417315040
Inne przykłady symbiosy wirusów z gospodarzem: https://journals.asm.org/doi/10.1128/jvi.02974-14.

Opisy ilustracji

Ryc. 1. Koala (Phascolarctos cinereus), torbacz, który niechcący stał się żywym laboratorium endogenizacji retrowirusa zachodzącej w czasie rzeczywistym. Foto: Benjamint444. Źródło: Wikipedia (licencja CC BY-SA 3.0).
Ryc. 2. Uproszczone drzewo rodowe naczelnych pokazujące historię endogenizacji genów envFRD i envW (kodujących syncytynę-2 i syncytynę-1) oraz genów retrowirusowych envV i envR kodujących białka także posiadające część właściwości syncytyn (w tym działanie immunosupresyjne, zmniejszające ryzyko konfliktu immunologicznego). Źródło: Esnault et al. 2013 (licencja CC BY 4.0).