Wszystkie nasze kolebki. Część 7. Tam i z powrotem: neandertalczycy, denisowianie i my

Pozostałe wpisy z tej serii:
Część 0. Wstęp i spis treści
Część 1. Kolebka naczelnych: Laurazja/Ameryka Północna
Część 2. Kolebka małpiatek i małp: Afryka
Część 3. Navigare necesse est: emigranci
Część 4. Kolebka człekokształtnych i człowiekowatych: Eurazja
Część 5. Kolebka goryli, ludzi i szympansów: Afryka po raz drugi
Część 6. Długie i niezupełne pożegnanie z Afryką

Wpisy na podobne tematy:
Porozmawiajmy o języku (1). Wstęp: Człowiek mówiący
Porozmawiajmy o języku (2): Geny języka
Porozmawiajmy o języku (3): Od prajęzyka do języka

Jak powstają bariery między gatunkami

Myśląc o powstawaniu gatunków w przeszłości, często utożsamiamy podział geograficzny z tzw. specjacją allopatryczną, czyli taką, w której główną rolę odgrywa istnienie bariery geograficznej utrudniającej kontakt między rozdzielonymi populacjami. Z dystansu wielu milionów lat łatwo zignorować fakt, że biologiczna bariera reprodukcyjna powstaje ze sporym opóźnieniem w stosunku do barier fizycznych. Kiedy na przykład przodek małp szerokonosych przepłynął Atlantyk i wylądował w Ameryce Południowej, był jeszcze przez dość długi czas tym samym gatunkiem, co afrykańska populacja, z której się wywodził. Jedynym powodem, dla którego ustał przepływ genów, było istnienie trudno przekraczalnej bariery w postaci oceanu. Dopiero po wielu tysiącach pokoleń skutki separacji stały się nieodwracalne, ale nawet wówczas dwa gatunki siostrzane pochodzące od wspólnego przodka – afrykański i południowoamerykański – pozostawały bardzo do siebie podobne i zapewne potencjalnie zdolne do hybrydyzacji. Dopiero nagromadzenie się różnic genetycznych, morfologicznych i behawioralnych przez setki tysięcy i miliony lat zrobiło z małp wąskonosych i szerokonosych dwie całkiem osobne grupy taksonomiczne. My jednak przeprowadzamy skrót myślowy i utożsamiamy migrację z podziałem małp na dwa wielkie klady.

Z kolei datowania molekularne mogą wskazywać na rozejście się obu grup na długo przed rejsem transatlantyckim, co w jakimś stopniu odpowiada prawdzie. Po pierwsze – gatunek założycielski małp szerokonosych nie był jednocześnie przodkiem dzisiejszych małp wąskonosych, tylko jego bliskim kuzynem (również afrykańskim) – jednym z wielu, jacy żyli w tym czasie. Prawdziwy ostatni wspólny przodek wszystkich małp żył o wiele wcześniej gdzieś w Afryce. Po drugie – datowanie molekularne informuje nas, kiedy rozeszły się drogi ewolucyjne odpowiadających sobie sekwencji DNA, a nie organizmów zawierających to DNA, a to bynajmniej nie to samo, biorąc pod uwagę, że neutralne polimorfizmy (warianty DNA niemające znaczenia dla doboru naturalnego) mogą się utrzymywać w puli genetycznej przez dziesiątki tysięcy pokoleń. Wszystko to ma niewielkie znaczenie, kiedy rozważamy procesy rozciągnięte na wiele milionów lat, bo ewentualne błędy chronologii wynikające z uproszczonego opisu zdarzeń nikną w tej skali. Ale historia powstania Homo sapiens mieści się w ostatnim milionie lat – a w takiej skali błędy mogą być bardzo istotne, dlatego lepiej nie mylić pojęć.

Nasza najbliższa rodzina

Homo heidelbergensis (w szerokim sensie, obejmującym afrykańskie i europejskie odmiany znane czasem pod innymi nazwami) dał początek trzem gatunkom: człowiekowi współczesnemu (H. sapiens), neandertalczykowi (H. neanderthalensis) i denisowianinowi (na razie bez formalnej nazwy łacińskiej). Z istnienia denisowian zdano sobie sprawę dopiero w  roku 2010. Gatunek ten przypomina ducha: wiemy o nim całkiem dużo, ponieważ udało się uzyskać i zsekwencjonować jego DNA oraz zbadać próbkę proteomu; natomiast „dotykalnych” szczątków kostnych odnaleziono jak na lekarstwo – i to wcale nie tam, gdzie powinno ich być najwięcej.

Z badań molekularnych wynika, że drogi ewolucyjne ludzi współczesnych oraz kladu, do którego należą wspólnie neandertalczycy i denisowianie, rozeszły się ok. 700 tys. lat temu, po czym bardzo szybko w ewolucyjnej skali czasu – po ok. 3000 pokoleń, czyli nieco ponad 600 tys. lat temu – dokonał się podział na neandertalczyków i denisowian. Tymczasem w zapisie kopalnym widzimy obecność H. heidelbergensis w Afryce i Europie w czasie, kiedy powinny go już były zastąpić nowe gatunki; w Azji nie widzimy prawie nic. Neandertalczyk pojawia się ok. 400 tys. lat temu; jego szczątki znajdujemy w Europie, na Bliskim Wschodzie oraz tu i ówdzie w Azji Zachodniej oraz Środkowej aż po Ałtaj, na terenach nie objętych zlodowaceniem. Po denisowianach została garść zębów i kości z Ałtaju i Chin datowanych na 160–30 tys. lat temu (jeden z osobników jest hybrydą neandertalsko-denisowiańską w pierwszym pokoleniu). Ludzie typu współczesnego pojawiają się w Afryce dopiero ok. 300 tys. lat temu. Jak pogodzić te dane paleontologiczne z genetycznymi?

To w gruncie rzeczy proste. Pomijając pierwszy eksperyment migracyjny (H. antecessor), H. heidelbergensis zaczął migrować poza Afrykę ok. 700 tys. lat temu przez Bliski Wschód. Przyniósł z sobą charakterystyczną kulturę paleolityczną, którą rozwinął już w Afryce – tzw. aszelskie narzędzia kamienne. Przepływ genów między populacją afrykańską a emigrantami w Eurazji osłabł lub zanikł. Wkrótce później rozeszły się drogi populacji zajmującej zachodnią i centralną Eurazję oraz drugiej, która zajęła Azję Południową, w tym ówczesny półwysep Sundy (w holocenie częściowo zatopiony; jego lądowymi resztkami są Półwysep Malajski i wyspy: Sumatra, Borneo, Jawa i Bali). Granica między obiema populacjami przebiegała w Azji Środkowej. Nie byli to jeszcze ludzie współcześni, neandertalczycy ani denisowianie w sensie morfologicznym: nadal wyglądali zapewne jak „klasyczny” H. heidelbergensis. Stanowili natomiast odrębne (choć nie do końca szczelne) pule genetyczne dzięki barierom geograficznym. Po jakichś 200–300 tys. lat różnice zaczęły być widoczne, a proces specjacji zaszedł na tyle daleko, że trudno by go było powstrzymać i odwrócić. Dopiero wówczas, jak gdyby wyczarowane znikąd, pojawiają się trzy gatunki, które wg danych genetycznych powinny były być już od dawna rozdzielone.

Ryc. 1.

Podobieństwa między nimi są bardziej uderzające niż różnice. Wszyscy potomkowie H. heidelbergensis mają identyczny zestaw chromosomów, czyli kariotyp: ich chromosom 2 odpowiada dwóm chromosomom szympansów i innych wielkich małp. Nie wiemy, kiedy w linii H nastąpiła fuzja dwóch chromosomów odziedziczonych po dalekich przodkach, zmniejszająca liczbę ich par z 24 do 23, ale na pewno ostatni wspólny przodek ludzi współczesnych, neandertalczyków i denisowian – czyli H. heidelbergensis sprzed 700 tys. lat – miał już zredukowaną liczbę chromosomów. Wszystkie trzy gatunki potomne mają także – na przykład – te same „unikatowo ludzkie” niesynonimowe mutacje w FOXP2, który uchodzi za jeden z genów warunkujących prawidłowy rozwój zdolności do używania i rozumienia języka. A skoro mają je wszyscy potomkowie, to można sądzić, posiadał je także wspólny przodek.

Do różnic można zaliczyć strukturę populacji, o której także można wnioskować z danych genetycznych. Odłam H. heidelbergensis, z którego rozwinęli się neandertalczycy i denisowianie, był początkowo niezbyt liczny, czyli stanowił wąskie gardło ewolucyjne. Następnie obie populacje powiększyły się znacznie i objęły zasięgiem praktycznie całą wolną od lodu Eurazję; składały się jednak z niewielkich, silnie rozproszonych grup. Wymiana genetyczna między nimi zachodziła, ale była niezbyt częsta, czego skutkiem były znaczne różnice regionalne i być może negatywne skutki kojarzenia krewniaczego i dryfu genetycznego w skali lokalnej.

Inaczej niż większość naczelnych H. heidelbergensis i wywodzące się z niego gatunki potrafiły sobie poradzić zarówno w tropikach, jak i w surowym klimacie Eurazji na obrzeżach północnego lądolodu (choć jeszcze w Afryce ich przodkowie stracili większość owłosienia ciała). Pomiędzy 800 a 500 tys. lat temu trwało jedno z najrozleglejszych zlodowaceń plejstocenu, pokrywające okresowo m.in. 90% obecnej powierzchni Polski. Wynalazki takie jak ogniska i okrycia ze skór zwierzęcych umożliwiały radzenie sobie z zimnem. Żyjąc w Eurazji przez setki tysięcy lat lat, neandertalczycy i denisowianie rozwinęli liczne przystosowania do życia w warunkach trudnych dla przybyszów z Afryki.

Pogmatwane rodowody

Pierwotny odłam H. heidelbergensis pozostał w afrykańskiej kolebce o wiele dłużej. Prawdopodobnie rozwinął w tym czasie zdolność do tworzenia większych grup społecznych, utrzymujących regularne kontakty z innymi grupami, co zapobiegało negatywnym skutkom rozdrobnienia populacji choćby dzięki regularnemu praktykowaniu egzogamii. Około stu tysięcy lat po tym, jak zaczął przypominać nas fizycznie (co pozwala zaetykietować go formalnie jako H. sapiens), podjął kolejne próby eksplorowania innych kontynentów. Najwcześniej pojawił się na Bliskim Wschodzie i być może na Bałkanach (jeśli identyfikacja szczątków z jaskini Apidima w Grecji jest poprawna), ale większe migracje nastąpiły dopiero w ciągu ostatnich 100 tys. lat. H. sapiens najpierw poszedł śladem denisowian: zajął południe Azji i ok. 60 tys. lat temu dotarł do Australii; następnie (50–45 tys. lat temu) skolonizował Europę i Syberię. Przez długi czas żył na terenach zamieszkanych także przez neandertalczyków i denisowian. Dochodziło przy tym – mówiąc eufemistycznie – do przepływu genów między sąsiadami. Dzięki temu genomy Europejczyków są w mniej więcej 1,8–2,4% neandertalskie, genomy mieszkańców dużej części Azji są w 2,3–2,6% neandertalskie i w 1% denisowiańskie, natomiast w Azji Południowo-Wschodniej, Australii i Oceanii domieszka neandertalska spada, a denisowiańska wzrasta do 4–6%. Zresztą neandertalczycy również uzyskali domieszkę DNA „sapiensowego”.

Sądząc po śladach genetycznych, wygląda na to, że denisowianie dotarli aż do linii Wallace’a, a może nawet poza nią, np. do Nowej Gwinei. Ponieważ w tym okresie Nowa Gwinea była połączona pomostem lądowym z Australią, trudno wykluczyć możliwość, że pierwsi  Australijczycy byli denisowianami. Na razie jednak brak jakichkolwiek lokalnych śladów acheologicznych ich obecności – i to nie tylko tam, ale także na terenach, gdzie musieli być szczególnie liczni. Warto jednak pamiętać, że dla nauki nie istnieli jeszcze 15 lat temu. Przyszłe odkrycia mogą uczynić ten gatunek mniej widmowym. Ostatnie badania genetyczne sugerują, że w regionie nowogwinejskim dochodziło do hybrydyzacji H. sapiens i denisowian jeszcze 30–15 tys. lat temu. Jeśli te wyniki zostaną potwierdzone, będzie to oznaczało, że denisowianie przeżyli najdłużej spośród „przedsapiensowych” populacji Homo, jako że neandertalczycy wymarli wcześniej, ok. 40 tys. lat temu. Istnieją podejrzenia, że wiele szczątków kostnych „wczesnych ludzi” z południowej Azji – jak wielkomózgi H. longi z północno-wschodnich Chin (146 tys. lat temu) oraz kilka innych skamieniałości sprzed 300–200 tys. lat o dyskusyjnej przynależności systematycznej – w rzeczywistości reprezentuje denisowian.

Sytuację komplikuje fakt, że denisowianie musieli być grupą dość zróżnicowaną populacyjnie i genetycznie. Nieliczne szczątki kostne, jakie znamy, pochodzą od „denisowian północnych”, podczas gdy domieszka genetyczna u ludów Melanezji czy Australii pochodzi od „denisowian południowych”, praktycznie nieznanych w stanie kopalnym. Denisowiański jest z dużym prawdopodobieństwem pojedynczy ząb sprzed ok. 150 tys. lat znaleziony w 2022 r. w Laosie – i to właściwie na razie wszystko. Cierpliwie zbierane dane zawierają wewnętrzne sprzeczności. Na przykład proteom szkliwa zębów żuchwy znalezionej w Xiahe na Płaskowyżu Tybetańskim (prowincja Gansu, Chiny) wyraźnie wskazuje na denisowianina (sprzed 160 tys. lat). Z kolei kompletna czaszka z Hualongdong (300 tys. lat temu), też uważana za potencjalnie denisowiańską, należy do osobnika o innej budowie żuchwy. Autorzy analizy opublikowanej zaledwie 4 dni temu (patrz linki poniżej) kwestionują związki tej czaszki z denisowianami i proponują wyodrębnienie kolejnego gatunku czy podgatunku w i tak już sporej grupie bliskich krewnych człowieka współczesnego. Dopóki nie dysponujemy materiałem do badań molekularnych (czyli DNA lub białkami pozyskanymi z kości), jesteśmy skazani na niepewne hipotezy i spory specjalistów. Trzeba się pogodzić z tym, że historia rodzaju Homo jest wielowątkowa, pogmatwana i nadal pełna „duchów”.

Ryc. 2.

Eurocentryzm i sapienscentryzm

Wczesne badania nad pochodzeniem H. sapiens skupiały się głównie na Europie i na regionalnych populacjach takich jak „ludzie z Cro-Magnon” (czyli wczesny europejski typ człowieka). Przywiązywano dużą wagę np. do faktu, że z terenów nadatlantyckich (Francja, Hiszpania) znane były najstarsze przykłady figuratywnych malowideł jaskiniowych (sprzed ok. 35–30 tys. lat). Nie znajdowano tak starej sztuki naskalnej w innych częściach świata, mogło się zatem zdawać, że Europa „przewodziła” światu jako intelektualna elita ludzkości. Jednak w ostatnich latach odkryto równie stare, a nawet starsze malowidła przedstawiające zwierzęta i ludzi w Azji Południowo-Wschodniej, a być może także w Australii (tu datowanie nie jest pewne). Obecny rekordzista to portret świni celebeskiej (Sus celebensis) z Sulawesi, liczący sobie co najmniej 45,5 tys. lat. Powodem, dla którego zabytki tego typu są skrajnie rzadkie, jest fakt nietrwałości malowideł, o ile szczęśliwym trafem nie znajdą się w miejscu, w którym lokalne warunki nie dopuszczają do ich degradacji przez dziesiątki tysięcy lat. Wiadomo zresztą, że i neandertalczycy zostawiali po sobie rysunki naskalne, tyle że niefiguratywne (przynajmniej wg obecnego stanu wiedzy).

Warto podkreślić, że neandertalczycy i denisowianie nie byli jaskiniowymi „małpoludami” zapowiadającymi nadejście „stuprocentowych” ludzi, tylko siostrzanymi odłamami wywodzącymi się od tego samego przodka, co my. Nie byli naszymi poprzednikami na Ziemi, lecz ewoluowali równolegle z nami. Prawdopodobnie H. sapiens zawdzięcza im pewną liczbę przystosowań pomagających przeżyć poza Afryką, przekazanych dzięki hybrydyzacji.  Nawiasem mówiąc, na ałtajskim pograniczu denisowianie i neandertalczycy również się krzyżowali. W regionie sundajskim denisowianie współistnieli najpierw z H. erectus, a później nie tylko z H. sapiens, ale też z reliktowymi populacjami wyspiarskimi, takimi jak H. floresiensis. Dopiero od niedawna jesteśmy jedynym na Ziemi gatunkiem Homo. Sami siebie nazwaliśmy „rozumnymi”, ale nic nie wskazuje na to, żeby rozumu brakowało naszym wymarłym kuzynom. Zdarza się, że kiedy wytworom kultury materialnej (jak narzędzia czy ozdoby) nie towarzyszą kości, nie jesteśmy w stanie stwierdzić, który z siostrzanych gatunków jest ich wytwórcą. Gdyby nie chodziło o nasz własny gatunek i mniej lub bardziej świadomą potrzebę akcentowania swojej wyjątkowości, to według kryteriów czysto biologicznych zapewne mówilibyśmy o jednym „chronogatunku” H. sapiens, który powstał w Afryce około miliona lat temu i przez większą część swojej historii był podzielony na kilka podgatunków, rozgraniczonych niezbyt szczelnymi barierami reprodukcyjnymi. Sądzę zresztą, że w miarę jak rozwija się paleoantropologia, taksonomia rodzaju Homo będzie ewoluowała w tym kierunku.

Ryc. 3.

W czasie, gdy znikli neandertalczycy, H. sapiens miał jeszcze przed sobą kolejne przygody. Prawdopodobnie już ok. 35 tys. lat temu zaczęła się penetracja obu Ameryk. Najpierw ludzie paleolityczni pojawili się w wolnej od lodu Beringii (włącznie z Alaską i Jukonem), skąd w późniejszym czasie mogli przenikać na południe przez powstające w pewnych okresach naturalne korytarze w lądolodach lub drogą morską wzdłuż wybrzeża. Wiele tysięcy lat później ludzie dotarli także do Grenlandii, Madagaskaru, Islandii, wysp Polinezji, Nowej Zelandii i wreszcie Antarktydy, gdzie ssaki w pełni lądowe nie postawiły stopy od czasu wyginięcia tamtejszej fauny eoceńskiej. Populacje eurazjatyckie wracały też wielokrotnie do Afryki. Ale to już całkiem inna historia, podobnie jak loty na Księżyc.

Lektura dodatkowa

Poziom rozwoju kulturalnego neandertalczyków: https://johnhawks.net/weblog/neandertal-visual-culture-art/
Wczesna historia neandertalczyków i denisowian: https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1706426114
Rodzaj Homo a „geny języka”: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4766443/
Hybrydyzacja i przepływy genów między gatunkami Homo: https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1007349
Czaszka z Hualongdong: doi.org/10.1016/j.jhevol.2023.103411, https://phys.org/news/2023-08-china-human-lineage.html
Kto to zrobił? Czasem po prostu nie wiemy: https://www.scientificamerican.com/article/cave-that-housed-neandertals-and-denisovans-challenges-view-of-cultural-evolution/
Kolonizacja Beringii: wstęp do podboju półkuli zachodniej: https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rspb.2022.2246

Opisy ilustracji

Ryc. 1. Rekonstrukcja wyglądu Homo longi z Chin (146 tys. lat temu) na podstawie kompletnej czaszki odkrytej w 1933 r., ale formalnie opisanej dopiero w 2021 r. Puszka mózgowa o archaicznym kształcie, ale objętości wielkiej jak u H. sapiens lub H. neanderthalensis (ok. 1420 cm³), uprawdopodabnia hipotezę  – na razie trudną do zweryfikowania – że mamy do czynienia z denisowianinem. Rekonstrukcja: Chuang Zhao. Źródło: Ni, Ji et al. 2021 (licencja CC BY-NC-ND).
Ryc. 2. Zawartość neandertalskiej „skrzynki z narzędziami” i „kasetki z biżuterią”. Źródło: Carron, d’Errico et al. 2011 (fair use).
Ryc. 3. Artystyczna wizja północnoamerykańskich Paleoindian polujących na mastodonta (Mammut americanum). Większość megafauny obu Ameryk wymarła wkrótce po pojawieniu się większych grup łowców paleolitycznych. Autor: Ed Jackson. Źródło: Christopher R. Moore 2023, The Conversation (licencja CC BY-NC).

Wszystkie nasze kolebki. Część 0. Wstęp i spis treści

Drodzy Czytelnicy!

Nadchodzą wakacje i miłośnicy blogów popularnonaukowych mają więcej czasu na seriale obejmujące wiele wpisów. Aczkolwiek staramy się nie powielać treści prezentowanych gdzie indziej, tym razem zrobię wyjątek usprawiedliwiony przez okoliczności. Pod koniec roku 2019 na facebookowej grupie pronaukowej „Teoretycznie tak” zamieściłem serię wpisów poświęconych historii ssaków naczelnych – od prapoczątków tej grupy do pojawienia się człowieka. Jest to perspektywa nieco antropocentryczna, bo oczywiście naczelne to rząd bogaty w gatunki. Znamy ich obecnie około 500 i praktycznie co roku odkrywane są nowe (przy czym niestety większość z nich jest zagrożona wyginięciem, głównie z winy ludzi). Można by było przedstawić historię naczelnych z punktu widzenia – dajmy na to – wyraka upiornego, lemura katta, wyjca rudego albo koczkodana liberyjskiego. Cóż jednak poradzić? Jesteśmy ludźmi i interesuje nas szczególnie, skąd my sami się wzięliśmy i jak przebiegała nasza ewolucja. Zresztą z każdym ze wspomnianych gatunków dzielimy wiele etapów wspólnej historii. Poza tym nie ograniczałem się wyłącznie do linii rodowej człowieka, ale pozwalałem sobie na dygresje dotyczące innych odgałęzień drzewa rodowego, bo historia przodków ludzi nabiera więcej sensu na takim szerszym tle.

Dlaczego wracam do tej serii? Bo pewnego dnia Facebook z powodów tylko sobie znanych usunął ją w całości jako „treści naruszające zasady” (bez bliższych wyjaśnień). Po prostu znikła z archiwów grupy. Ponieważ poświęciłem na przygotowanie tych wpisów około dwóch tygodni i pracowałem nad nimi rzetelnie, zapoznając się z wynikami badań ostatnich lat (aby z szacunku dla czytelników przedstawić im aktualny stan wiedzy), łatwo sobie wyobrazić temperaturę moich uczuć względem administracji Facebooka. Niestety skargi i prośby o przywrócenie wpisów nie odniosły skutku. Być może popularyzacja nauki jest niezgodna ze standardami mediów społecznościowych. Na szczęście zachowałem sobie notatki i brudnopisy wszystkich odcinków i mogę je dziś zrekonstruować oraz uzupełnić o odkrycia ostatnich trzech lat. Nie zrobię tego jednak na Facebooku, bo po pierwsze zamknięta grupa nie jest idealnym forum dla popularyzacji, a po drugie – już raz się przejechałem i z góry dziękuję za ewentualną powtórkę.

A zatem zapraszam do lektury cyklu pod zbiorczym tytułem „Wszystkie nasze kolebki”. Tak się bowiem złożyło, że nasi przodkowie oraz bliżsi i dalsi kuzyni wędrowali dużo, tułając się po różnych kontynentach. Odpowiedź na pytanie, skąd pochodzimy, zależy od tego, jak daleko cofniemy się w czasie. Cykl składa się z siedmiu odcinków, które w dość regularnym tempie zamierzam prezentować przez lipiec i sierpień, aby dostarczyć naszym Czytelnikom godziwej rozrywki wakacyjnej. Na zachętę z góry podaję tytuły/linki:

Część 1. Kolebka naczelnych: Laurazja/Ameryka Północna
Część 2. Kolebka małpiatek i małp: Afryka
Część 3. Navigare necesse est: emigranci
Część 4. Kolebka człekokształtnych i człowiekowatych: Eurazja
Część 5: Kolebka goryli, ludzi i szympansów: Afryka po raz drugi
Część 6: Długie i niezupełne pożegnanie z Afryką
Część 7: Tam i z powrotem: neandertalczycy, denisowianie i my

Pierwszy odcinek już niedługo!

Ilustracja: Tarsius spectrumgurskyae, gatunek wyraka (tarsjusza) opisany w 2017 r., występujący wyłącznie na Sulawesi (Celebesie), nazwany na cześć Sharon Gursky, amerykańskiej prymatolożki (badaczki naczelnych). Foto: Meldy Tamenge. Źródło: Wikipedia (licencja: CC BY-SA 4.0).

Analiza DNA w kryminalistyce, czyli co DNA może nam powiedzieć o rysach twarzy (2)

W poprzednim odcinku napisałem, jakich technik biologii molekularnej używają policje całego świata do identyfikacji sprawców przestępstw. Wystarczy kilka komórek pozostawionych na miejscu zbrodni, żeby można było określić tzw. profil DNA. Takie profile znajdują się policyjnych bazach danych. Tworzone według zunifikowanego protokołu CODIS/ESS są bardzo przydatne w kryminalistyce. Ale jest jeden problem: profil DNA sprawcy przestępstwa musi w tej bazie figurować. Jeżeli nie figuruje, policja jest bezradna. Czy jest na jakaś rada? Czy możemy przewidzieć wygląd sprawcy na podstawie jego DNA? Żeby odpowiedzieć na to pytanie, trzeba najpierw wyjaśnić, jak geny mogą wpływać na nasz wygląd.

Geny i cechy, czyli genotyp i fenotyp

Genom człowieka zawiera ok. 20 000 genów kodujących białka. Nasz wygląd też jest zapisany w genach, ale które to są geny i ile ich jest? Do niedawna niewiele wiedziano na ten temat, ale wraz z rozwojem metod wysokoprzepustowego sekwencjonowania DNA (sekwencjonowanie nowej generacji, next generation sequencing, NGS) coraz więcej wiemy o genach odpowiadających za kształt twarzy. Ale jak powiązać sekwencje genów z cechami fenotypowymi, w tym przypadku z kształtami twarzy?

Jakich mutacji szukamy?

Określenie sekwencji genomu jednego człowieka to dziś koszt ok. 600 dolarów. Jeżeli zsekwencjonujemy genomy grupy osób i zestawimy te sekwencje z ich cechami (np. wzrostem), to takie porównanie powinno wskazać mutacje, których obecność jest związana z daną cechą. Jakie to mutacje? Większość to polimorfizmy jednego nukleotydu (single nucleotide polymorphism, SNP), czyli zamiany jednego nukleotydu na inny. Często taka zamiana powoduje zamianę reszty aminokwasowej w białku, które jest kodowane przez dany gen. Zmiana reszty aminokwasowej może spowodować zmianę aktywności białka. Zmiany w regionach, które nie kodują białek, mogą z kolei wpływać na poziom ekspresji danego białka, czyli na to, ile tego białka zostanie wyprodukowane przez komórkę.

Badania asocjacyjne całego genomu (GWAS) i wykresy Manhattan

Badania całych genomów w poszukiwaniu mutacji noszą nazwę badań asocjacyjnych całego genomu (genome-wide association studies, GWAS). Wyniki przedstawia się na ogół w postaci tzw. wykresów Manhattan (bo przypominają Manhattan z daleka): na osi X jest cały genom ułożony od chromosomu 1 do 22, a na osi Y jest ujemny logarytm z wartości p dla każdego jednonukleotydowego podstawienia. Wartość p, czyli prawdopodobieństwo testowe, to prawdopodobieństwo, że dana zależność mogła wystąpić przypadkowo. Im niższa wartość p, tym większa szansa, że dana zależność naprawdę istnieje. A im niższa wartość p, tym wyższy ujemny logarytm. Zatem: w przypadku wykresu Manhattan, im wyższy jest słupek dla danego genu, tym większe prawdopodobieństwo, że dany SNP ma znaczenie w kształtowaniu danej cechy. Przypuśćmy, że robimy badanie GWAS u osób wysokich i niskich i szukamy różnic w sekwencji typu SNP w obu grupach. Jeżeli takich mutacji jest dużo w grupie osób wysokich, to na wykresie Manhattan te geny z takimi mutacjami pokażą się jako wyższe kreski. Wniosek: mutacje w tych genach mogą być powiązane z wzrostem. Czy na pewno? Trudno powiedzieć, wymaga to odrębnej analizy, najlepiej na jakimś modelu, np. mysim (Ryc. 1).

Ryc. 1. Hipotetyczny wykres Manhattan dla częstości mutacji typu SNP u osób wysokich i niskich. Na osi X są chromosomy od 1 do 22 oznaczone kolorami, na osi Y ujemny logarytm z wielkości p dla każdego polimorfizmy typu SNP. Poziom istotności, czyli próg, poniżej którego powinno być p, aby zależność była uznana za nieprzypadkową, dla badań GWAS wynosi 5×10^-8 (czyli -log(p) powinno być większe niż 7,5). Poziom istotności zaznaczono przerywaną kreską. Źródło: EMBL Online Tutorial, zmodyfikowane. Licencja CC BY 4.0.

Jak znaleźć geny wpływające na kształt twarzy?

Najpierw trzeba określić cechy twarzy, które można zmierzyć w sposób niepozostawiający wątpliwości. Są to tzw. punkty antropometryczne, które określają wzajemne położenie oraz wielkość oczu, nosa, ust i brwi. Takich punktów jest kilkadziesiąt. Od dawna stosuje się je w antropologii. Korzystając z położenia tych punktów, wykonano już kilkanaście badań GWAS, często na dużych populacjach. Dla co najmniej kilkudziesięciu genów wykazano silny związek polimorfizmów SNP z położeniem punktów antropometrycznych. Pokazuję jedno takie badanie, w którym badano położenie 13 punktów antropometrycznych u 10100 osób pochodzenia europejskiego (Ryc. 2).

Ryc. 2. Korelacja między położeniem 13 punktów antropometrycznych (oznaczonych kolorami) i sekwencjami ludzkich genów określona w badaniu GWAS na grupie 10 100 osób pochodzenia europejskiego. Wykres Manhattan (na dole ryciny) pokazuje geny (wraz z lokalizacją na chromosomach 1-22) które mają największy związek z tymi 13 cechami. Najważniejsze 10 loci oznaczono kolorami. Na przykład położenie punktu nasion (Nr 3), czyli największego zagłębienia nosowo-czołowego jest pod kontrolą genu PAX3, oznaczonego kolorem fioletowym. Położenie punktu pronasale (Nr 4), czyli najbardziej wysuniętego do przodu punktu na czubku nosa  jest pod kontrolą genów CASC17 (żółty), TBX3 (zielony), INTU (pomarańczowy) i CASZ1/PEX14 (różowy).
Dane na temat genów są na stronie https://www.genecards.org/.
Źródło: Xiong Z et al., eLife 2019, 8:e49898. Licencja CC BY 4.0.

Jakie geny wykryto w badaniach antropometrycznych GWAS?

Można je podzielić na cztery grupy. Najwięcej było czynników transkrypcyjnych, czyli białek odpowiedzialnych za regulację syntezy mRNA. Takich genów w ludzkim genomie jest najwięcej. Nasza czaszka, a więc i twarz, powstaje w czasie rozwoju zarodkowego z tzw. komórek grzebienia nerwowego (pisałem o tym w artykule o szczęce Habsburgów). Ich przekształcenie w komórki potomne powoduje, że z nielicznych komórek prekursorowych powstaje mózg, czaszka, a także twarz jako jej część. Te przekształcenia podlegają ścisłej kontroli przez tzw. geny homeotyczne, które kontrolują rozwój morfologiczny poszczególnych części ciała w okresie rozwoju zarodkowego. Kodowane przez te geny czynniki transkrypcyjne wpływają na ekspresję innych genów, ściśle organizując rozwój zarodka. Jest kilka grup takich genów o nazwach HOX, SOX, FOX i PAX. Pisał o tym niedawno na blogu Piotr Gąsiorowski. Przykładem genu z tej rodziny jest PAX3 (Paired Box 3), który wpływa na położenie punktu nasion, czyli największego zagłębienia nosowo-czołowego. O tym jeszcze za chwilę.

Ale oprócz genów kodujących czynniki transkrypcyjne, badania GWAS wykryły także geny kodujące inne rodzaje białek. Były to geny sterujące organizacją chromosomu, czyli modulatory chromatyny. Odpowiadają one za to, jak upakowane jest DNA w chromosomie, i modulując to upakowanie, regulują dostęp do genu przez czynniki transkrypcyjne. Upakowanie DNA zależy od metylacji i acetylacji histonów (czyli białek, na które DNA jest nawinięte). Może to wpływać na ekspresję genów w ramach tzw. modyfikacji epigenetycznych, które nie są bezpośrednio związane z sekwencją DNA, ale mogą wpływać na dziedziczenie. Przykładem genu z tej grupy jest HDAC9, który koduje deacetylazę histonową 9, enzym usuwający reszty acetylowe z reszt lizyny w histonach. U człowieka jest 18 takich enzymów, a mutacje w tym właśnie genie (HDAC9) mogą wpływać na wiele cech, w tym na kształt kolumelli nosa, czyli zewnętrznej części przegrody rozdzielającej nozdrza. Może być ona równoległa do zewnętrznych części nozdrzy, a może też być wypukła lub wklęsła (chirurdzy plastycznie znają te problemy). I właśnie mutacje w genie HDAC9 mają na to wpływ, prawdopodobnie w wyniku modyfikacji histonów w otoczeniu tych genów, które w czasie życia płodowego odpowiadają za tworzenie kolumelli.

Następna grupa to białka szlaku sygnałowego, które powodują, że procesy metaboliczne w komórce ulegają zmianie (np. zwolnienie metabolizmu). Przykładem jest gen WNT16 (Wnt Family Member 16), który wpływa na wielkość żuchwy.

Ostatnia grupa to białka modulujące strukturę komórki. O jednym z takich białek pisałem w artykule o Habsburgach: jest to enzym degradujący agrekan, główny składnik macierzy pozakomórkowej, kodowany przez gen ADAMTS1.

Mutacje w genach wpływających na kształt twarzy i wady wrodzone

Jeżeli w genach odpowiadających za kształt twarzy zajdzie mutacja powodująca brak aktywności kodowanego przez nie białka, może dojść do tzw. zespołu malformacyjnego, czyli zespołu wad wrodzonych. Znanych jest ok. 500 takich zespołów i 350 genów, które je mogą powodować (jeżeli zawierają mutacje). Nie będę o nich pisał, bo to temat na osobny artykuł, ale wspomnę o zespole Waardenburga typu I. Spowodowany jest przez mutacje w genie PAX3, które powodują, że nie powstaje aktywne białko. Wiąże się z nim niedosłuch czuciowo-nerwowy, plamy bielacze na skórze, różnobarwne tęczówki i występowanie jasnego pasma włosów. Ale typowy jest też brak zagłębienia punktu nasion, przez co czoło jest całkiem płaskie (Ryc. 3).

Ryc. 3. Zespół Waardenburga typu I. Autor: Mohammed2018, Wikipedia. Licencja CC BY 4.0.

Czy na podstawie sekwencji DNA możemy przewidzieć cechy twarzy?

Możemy, ale na razie skuteczność wynosi ok. 80%. Znamy już kilkaset genów, które mogą wpływać na cechy twarzy, oraz kilkaset tysięcy mutacji w tych genach, które mogą spowodować, że dana cecha będzie taka, a nie inna. Ale cechy, definiowane przez położenie punktu antropometrycznego, mogą być wynikiem działania wielu genów. Tych genów może być kilkanaście czy kilkadziesiąt, i dopiero analiza mutacji we wszystkich tych genach może nam powiedzieć np. o kształcie nosa osoby X. Wymaga to jeszcze wielu badań na jeszcze większych populacjach. No i najlepiej byłoby potwierdzić uzyskane w ten sposób korelacje na modelu mysim.

Ale i to może nie wystarczyć, jeżeli np. osoba X spadła z roweru i złamała nos, który krzywo jej się zrósł. Albo przeciwnie, poddała się operacji plastycznej i ma teraz piękny mały nosek na dodatek do powiększonych warg. Może właśnie dlatego skuteczność przewidywania cech twarzy wynosi 80%?

A co z sobowtórami?

O sobowtórach dużo mówi się ostatnio przy okazji Putina. Czy osoby podobne do siebie mają podobne mutacje w genach? Przeprowadzono takie badania na grupie 32 niespokrewnionych osób, które były do siebie podobne. Znalazł je kanadyjski fotograf François Brunelle, który od lat poszukuje takich osób na całym świecie. Okazało się, że u podobnych osób większość mutacji w genach mających wpływ na cechy twarzy była taka sama. Mało tego, okazało się, że te podobne do siebie osoby miały też podobne zainteresowania i zwyczaje (np. paliły papierosy albo miały psy). Tak więc można powiedzieć, że podobieństwo fenotypowe jest skutkiem podobieństwa genetycznego. Ale cechy psychiczne u sobowtórów też mogą być zbliżone. Czy każdy z nas gdzieś na świecie ma bliźniaka, który na dobitkę ma taki sam charakter?

Na razie potraktujmy tę hipotezę z ostrożnością. Grupa badawcza licząca 32 osoby jest stanowczo zbyt mała, żeby wyciągać daleko idące wnioski (Ryc. 4).

Ryc. 4. Analiza genetyczna 32 niespokrewnionych osób podobnych do siebie.  Analizowano położenie punktów antropometrycznych (B) i  różne programy (algorytmy) rozpoznające twarz (C). Zbadano też inne cechy, takie jak stan cywilny, liczba dzieci, posiadanie zwierząt domowych czy palenie papierosów i picie alkoholu (D). Przykładowe zdjęcia badanych osób (E). Źródło: Joshi et al., Cell Reports 2022, 40: 111257. Licencja CC BY 4.0.

Co na to policja?

Jest bardzo zainteresowana, ponieważ można w ten sposób wypełnić dotkliwą lukę w kryminalistyce. Jeżeli organy ścigania mają DNA sprawcy przestępstwa, ale jego profil nie figuruje w bazie danych, to technika nazywana ustalaniem wyglądu na podstawie DNA (forensic DNA phenotyping, FDP) potrafi z dużym (80%) prawdopodobieństwem przewidzieć, jak wygląda osoba, której DNA dysponujemy.

Literatura dodatkowa

Geny wpływające na kształt twarzy

https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.abc6160

https://elifesciences.org/articles/49898

Badania sobowtórów

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36001980/

Strona fotografa François Brunelle

http://www.francoisbrunelle.com/webn/e-project.html