Według skąpych źródeł rosyjskich, łącznie Sowieci zabrali ze swojej strefy okupacyjnej do ZSRR 177 niemieckich specjalistów rakietowych. Po dodaniu do tej liczby członków ich rodzin otrzymujemy pełny skład osobowy niemieckiego kontyngentu w zakładzie NII-88: 495 ludzi. Jak to zwykle bywało w Związku Radzieckim, pozory sprawnej organizacji skrywały kosmiczny chaos…

Gröttrup wierzył, że wspólna komisja ds. rakiet, łącząca rzekomo interesy kilku sowieckich instytucji, będzie nadal spójnie działać na terenie ZSRR. Wierzył, bo takie rozwiązanie miało po prostu sens. Na miejscu okazało się jednak, że przedstawiciele różnych urzędów i ministerstw podzielili się Niemcami, i to w sposób pozbawiony jakiegokolwiek rozsądku. Część ludzi z Nordhausen została zabrana z ekipy Gröttrupa, do której z kolei włączono specjalistów, z którymi wcześniej nie pracował. Sowieccy urzędnicy wyrywali sobie z rąk nie tylko rzekomo znienawidzonych nazistów, lecz także każde najmniejsze urządzenie techniczne, przywiezione z Niemiec. Helmut Gröttrup porównywał po latach to, co zastał w ZSRR, z wiejskim targiem, na którym handluje się bydłem. Jego zdecydowane interwencje przyniosły w końcu skutek i do zespołu wróciła część osób, z którymi wcześniej pracował.

Niektórzy Niemcy musieli się pogodzić z perspektywą pracy w osobnych ośrodkach badawczych. I tak 23 ludzi wraz z rodzinami trafiło do instytutu badawczo-rozwojowego OKB-456, kierowanego przez Walentina Głuszkę (tego samego, który przed wojną zadenuncjował do NKWD swojego wieloletniego przyjaciela, Korolowa), podlegającego Ministerstwu przemysłu Lotniczego i zajmującego się silnikami rakietowymi. Tym zespołem kierował doktor Oswald Putze, kierownikami wszystkich działów byli Niemcy. Inna ekipa pracowała w NII-885, budując systemy kierowania lotem – ta z kolei podlegała Ministerstwu Radiotechniki (mimo podobnych nazw, ośrodki NII-88 i NII-885 miały odrębne zadania – pierwszy miał projektować i budować rakiety, drugi systemy sterowania lotem dla nich).

Gdy Gröttrup i reszta niemieckich rakietoznawców, wyznaczonych do pracy w ośrodku NII-88 dotarła w okolice Moskwy, rozlokowano ich w domach i ośrodkach wczasowych, położonych wzdłuż tzw. Jarosławskiej trasy kolejowej, w miejscowościach Bolszewo, Walentinowka i Puszkino. Ich miejsce pracy, zakład w Podlipkach, znajdował się przy tej samej trasie. Według wspomnień żony Gröttrupa przydzielano jeden pokój na trzyosobową rodzinę, dwa na czteroosobową. Im trafiła się sześciopokojowa willa, której mieszkańcem wcześniej podobno był jakiś minister. Sowietom tak zależalo na Helmucie Gröttrupie, że w listopadzie ściągnęli z Niemiec jego samochód i wyznaczyli mu kierowcę, który przez pierwsze miesiące non stop woził po stolicy Związku Sowieckiego Irmgard, ciekawą widoków Moskwy. Innym Niemcom nie było tak lekko, zatrudnieni w OKB-456 w Chimkach poczatkowo mieszkali w Podlipkach i byli wożeni autobusami (potem zbudowano im domki fińskie), zaś załoga niemiecka z NII-885 przy Szosie Entuzjastów musiała mieszkać w sanatorium w Monino.

Sowieci tak się spieszyli z wywozem nazistowskich ekspertów ze strefy okupacyjnej, że nikt nie pomyślał, jak rozwiązać sprawę dokumentów dla nich – początkowo po prostu nie wydano im żadnych dokumentów tożsamości. Przez pierwsze dwa miesiące nie wolno im było wysyłać listów do Niemiec – więc osoby z dalszej rodziny nie miały szans dowiedzieć się, że żyją. To jednak nie wściekało przesiedlonych Niemców tak bardzo, jak typowe sowieckie niechlujstwo, organizacyjny chaos i tępota urzędników. Oczekiwano od nich, tak samo jak od innych wywiezionych do ZSRR specjalistów, że w zapuszczonych, zaniedbanych zakładach natychmiast dokonają cudów. Niestety wszystkiego brakowało, nawet stołów. Brakowało sprzętu badawczego. Brakowało rysunków technicznych i innej dokumentacji, albo zgubionej przez sołdatów podczas transportu, albo rozkradzionej przez konkurujące ze sobą sowieckie ministerstwa. W każdym ośrodku niemieccy naukowcy musieli najpierw wyremontować budynki, naprawić infrastrukturę, zwyczajnie posprzątać – ale Kreml oczekiwał od nich wypełniania centralnych planów pracy tak, jakby tych przeszkód w ogóle nie było.

Stan dawnej fabryki dział artyleryjskich w Podlipkach, gdzie żądano od Niemców natychmiastowego uruchomienia produkcji rakiet bojowych był tak zły, że w szoku byli nawet Rosjanie, którym kazano z niemieckimi ekspertami pracować. Setki ton sprzętu zwiezionego z Instytutu Nordhausen Sowieci zwalili na gołą ziemię bezpośrednio przy torze kolejowym (o zadaszonych magazynach nikt naturalnie nie pomyślał) – wszystko niszczało i rdzewiało, podobnie jak wiele innego poniemieckiego majątku, zabranego z Niemiec, Polski i Czechosłowacji. Gröttrup apelował wciąż do dyrektora zakładu oraz do Ministra Uzbrojenia, ale wszyscy mieli jego prośby w nosie: w Związku Radzieckim nie mówiło się otwarcie, że coś nie działa. Niemiecki naukowiec i tak już był w organach bezpieczeństwa na czarnej liście, albowiem jadąc pociągiem do Moskwy napisał do władz sowieckich oficjalny protest w kwestii swojego wywiezienia, wbrew własnej woli i wcześniejszym obietnicom, z niemieckiej strefy okupacyjnej. Smutni panowie oddali mu jego protestacyjne pismo i wytłumaczyli, że władze ZSRR mogą sobie zabrać z wrażych Niemiec kogo tylko chcą, w celu wykorzystania „do odbudowy zniszczonego przez faszystów kraju”. Dodali, że jeżeli mu się nie podoba wyznaczone dlań stanowisko pracy, to oni z przyjemnością wyślą go do obozu karnego za Ural.

Helmut Gröttrup starał się mimo wszystko pracować, ale sytuacja nadal była beznadziejna i na dodatek wielu przydzielonych do pracy w NII-88 Sowietów nie miało najmniejszej chęci wykonywać jakiejkolwiek pożytecznej pracy – skierowanie do tajnego zakładu traktowali jako synekurę, bezpieczny schowek. Pod koniec kwietnia 1947 Niemiec miał dość: ogłosił, że rozpoczyna strajk i zrezygnował ze stanowiska kierownika „niemieckiego kolektywu”. W Związku Sowieckim nie tolerowano porzucania pracy, nie mówiąc już o strajkach, które przecież w państwie dyktatury proletariatu pozbawione były dialektycznego sensu… A jednak Gröttrup miał tak ogromne znaczenie dla władz ZSRR, że puszczono mu ten wybryk w niepamięć, nie rozstrzelano go, a w maju 1947 zatwierdzono oficjalną siatkę płac dla niemieckich specjalistów. Gröttrup zarabiał 10 tysięcy rubli, a zwykli niemieccy inżynierowie po 4 tysiące; w tym samym czasie Korolow dostawał miesięcznie 6 tysięcy, a przeciętny inżynier sowiecki – ledwie tysiąc. Warunki nadal były ciężkie, lecz niemiecki kierownik miał prawo odczuwać satysfakcję – zadbał o godziwe warunki zatrudnienia dla swoich ludzi i o bardziej godne traktowanie całej niemieckiej grupy.

W lipcu Sowieci wysłali go na inspekcję do tajnego ośrodka na wyspie Gorodomlia, do którego jeszcze w 1946 skierowano część Niemców. Warunki bytowe i warunki pracy, choć trudno mu było w to uwierzyć, zastał gorsze niż w Podlipkach. Nie wiedział jeszcze wtedy, że na zabagnioną wyspę zostanie na stałe wysłany i on.